结论前置：店里被偷东西后员工被扣工资，这一做法是否合法需分情况讨论，一般情况下用人单位不得随意克扣员工工资，但在特定条件下可能存在例外。以下从不同角度为你详细分析：
一、用人单位无权随意克扣工资的普遍原则
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，除非有明确的法律依据或合同约定，用人单位不得随意克扣员工的工资。
二、可能存在的例外情况
员工存在过错且合同或规章制度有明确规定：
- 如果员工因故意或重大过失导致店里被偷，且劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了在此类情况下可以扣减工资作为赔偿，那么用人单位在合理范围内扣减工资可能是合法的。但需要注意的是，扣减的金额不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地最低工资标准。
员工同意扣减工资作为赔偿：
- 如果员工自愿同意扣减部分工资作为对店里损失的赔偿，并且这一行为没有违反法律法规的强制性规定，那么这种扣减也是合法的。但同样需要确保扣减后的工资不低于当地最低工资标准。
三、用人单位违法克扣工资的法律后果
如果用人单位在没有合法依据的情况下克扣员工工资，员工有权采取以下措施：
与用人单位协商：
- 员工可以首先尝试与用人单位进行协商，要求用人单位补发被克扣的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，要求劳动监察部门介入调查并处理。
申请劳动仲裁：
- 员工还可以向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位支付被克扣的工资及可能的赔偿金。
四、建议与提醒
保留证据：
- 员工应保留好与工资克扣相关的所有证据，如工资条、劳动合同、规章制度、沟通记录等，以便在需要时证明自己的权益。
及时咨询：
- 如果员工对用人单位的扣减工资行为有疑问或不满，应及时咨询专业律师或劳动监察部门，了解自己的权益和可行的维权途径。
注意时效：
- 员工在申请劳动仲裁或提起诉讼时，应注意相关的时效规定，以免错过维权时机。
总结：店里被偷东西后员工被扣工资，这一做法是否合法需根据具体情况判断。如果用人单位无法提供合法依据或合同约定，员工有权要求补发工资并采取相应的维权措施。如果你或你身边的人遇到类似问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更具体的法律建议和帮助。