结论：您在同一单位工作十一年，但中间签的合同不是同一单位的，仍然有可能申请劳动仲裁，不过具体能否成功申请以及仲裁的结果，会受到多种因素的影响，下面我将从不同角度为您详细分析。
一、劳动关系认定是关键
实际用工关系：
- 劳动仲裁和后续可能的诉讼，核心在于认定实际的用工关系。即便合同是与不同单位签订的，但如果实际工作场所、工作内容、管理关系等均指向同一实际用工单位，那么很有可能被认定为与该单位存在劳动关系。
- 例如，您一直在A公司的办公地点工作，接受A公司管理人员的指挥和管理，从事A公司安排的工作任务，那么即使部分合同是与B公司签订的（B公司可能与A公司有关联），也有可能被认定为与A公司存在劳动关系。
合同签订情况：
- 合同签订情况是认定劳动关系的重要参考，但不是唯一依据。如果合同签订主体与实际用工单位不一致，需要进一步审查合同内容、实际履行情况等，以确定真实的劳动关系。
- 如果合同中明确约定了您是为某一特定单位工作，或者合同中有关于工作场所、工作内容等与实际用工情况相符的条款，那么这些条款将有助于认定劳动关系。
二、申请劳动仲裁的条件和流程
申请条件：
- 您需要证明与用人单位之间存在劳动关系（或事实劳动关系）。
- 您需要明确仲裁请求，如要求确认劳动关系、支付工资、经济补偿等。
- 您需要在法定的仲裁时效期间内提出申请（一般为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起计算）。
申请流程：
- 准备相关证据材料，如工作证、工资条、考勤记录、合同等，以证明劳动关系和仲裁请求。
- 向当地劳动争议仲裁委员会提交仲裁申请书和相关证据材料。
- 等待仲裁委员会受理并安排开庭审理。
- 参加庭审并陈述事实和理由，提交证据并进行质证。
- 等待仲裁委员会作出裁决。
三、可能面临的法律后果和应对策略
法律后果：
- 如果仲裁委员会认定您与某一单位存在劳动关系，并支持了您的仲裁请求，那么该单位需要履行相应的法律义务，如支付工资、经济补偿等。
- 如果仲裁委员会未认定您与某一单位存在劳动关系，或者未支持您的仲裁请求，您可以根据具体情况考虑是否向法院提起诉讼。
应对策略：
- 在申请劳动仲裁前，尽量收集和整理相关证据材料，以证明劳动关系和仲裁请求。
- 如果对法律程序不熟悉或证据材料不足，可以考虑咨询专业律师或寻求法律援助。
- 在庭审过程中，保持冷静和理性，如实陈述事实和理由，并积极配合仲裁委员会的工作。
最后建议：鉴于您的情况比较复杂，涉及多个单位和合同签订问题，我建议您在申请劳动仲裁前，先咨询专业律师（也就是我啦，我擅长工伤赔偿、社会保险、劳动合同领域哦），对您的具体情况进行详细分析和评估。这样可以帮助您更好地了解自己的权利和义务，制定更合理的仲裁策略，并提高仲裁成功的可能性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。