结论：未干满一个月的员工在享受带薪休年假三天后直接离职，用人单位仍需支付其实际工作期间的工资，但无需额外支付未休年假的工资补偿（若年假已休且符合规定），同时可能需根据具体情况处理年假工资的扣减问题。以下从不同角度详细分析：
一、工资支付义务
实际工作期间工资：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提供了正常劳动，用人单位应当按照劳动合同约定的工资标准支付工资。因此，即使员工未干满一个月，只要其提供了正常劳动，用人单位就需支付其实际工作期间的工资。
带薪休年假工资：
- 带薪休年假是劳动者的合法权益，员工在休年假期间，用人单位应按照劳动合同规定的标准支付工资。若员工已享受了带薪休年假，且年假天数符合法律规定或劳动合同约定，则用人单位无需额外支付未休年假的工资补偿。但在此案例中，员工是在未干满一个月的情况下休了年假，且之后直接离职，这并不影响其已休年假期间工资的支付义务。
二、年假工资的扣减问题（若存在不当休假情况）
年假天数计算：
- 通常情况下，员工需在用人单位连续工作满一定期限（如一年）才享有带薪年休假。若员工未干满一个月即休年假，且该年假天数并非基于其之前在其他单位的连续工作年限而累积，则用人单位可能有权要求员工返还已休年假期间的部分或全部工资（具体需根据劳动合同、公司规章制度及地方性法规判断）。但此情况较为特殊，且实践中处理方式可能因地区和具体案情而异。
公司规章制度：
- 若公司规章制度中明确规定了未满一定服务期限的员工休年假需扣减相应工资或需承担其他责任，且该规章制度已依法告知员工并经其同意，则用人单位可能依据规章制度进行处理。但即便如此，扣减的工资也不应超过员工已休年假期间应得的工资总额。
三、实际操作建议
核对劳动合同与规章制度：
- 用人单位应首先核对劳动合同及公司规章制度中关于带薪年休假、工资支付及离职处理的相关规定，以确定员工的权利与义务。
与员工沟通协商：
- 在处理此类问题时，用人单位应与员工进行沟通协商，了解其离职原因及诉求，尽量达成和解以避免不必要的法律纠纷。
依法处理并保留证据：
- 若无法达成和解，用人单位应依法处理员工的工资支付及年假问题，并保留好相关证据（如劳动合同、工资单、年假申请记录等）以备不时之需。
总结：未干满一个月的员工在享受带薪休年假三天后直接离职，用人单位仍需支付其实际工作期间的工资。对于年假工资的扣减问题，则需根据具体情况（如年假天数计算、公司规章制度等）进行判断和处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。