结论：公司跟员工约定周六加班支付的加班费为工作日工资，这一做法通常是不合法的。

分析说明：

1. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：…（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。同时，对于休息日（如周六）安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。

2. 加班费计算：

   • 工作日工资通常指的是劳动者在正常工作时间内（如周一至周五）所获得的日工资。
   • 加班费则是在正常工作时间之外工作所应获得的额外报酬。对于周六这样的休息日加班，如果无法安排补休，公司应支付不低于工作日工资两倍的加班费。
   • 因此，公司仅支付工作日工资作为周六的加班费，显然低于法律规定的标准。

3. 合法性判断：

   • 鉴于上述法律规定和加班费计算标准，公司跟员工约定周六加班支付的加班费为工作日工资，这一做法违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定，因此是不合法的。

建议与后果：

• 建议：如果公司存在这样的做法，员工有权向公司提出异议，并要求公司按照法律规定支付加班费。如果公司拒绝改正，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 后果：如果公司被查实存在违法支付加班费的行为，可能会面临劳动监察部门的处罚，包括但不限于罚款、责令改正等。同时，公司还可能因此承担民事赔偿责任，向员工支付应得的加班费及可能的赔偿金。

特殊情况说明：

• 当然，也存在一些特殊情况，比如公司与员工之间有特别的约定，且这种约定不违反法律的强制性规定（但在此案例中，约定周六加班费为工作日工资显然违反了法律强制性规定）。然而，在大多数情况下，这种特别约定是不被法律所认可的，特别是当它损害了员工的合法权益时。

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