结论：公司跟员工签订协议约定周六加班费可以按工作日工资支付，这一约定在多数情况下是不合法的，除非能确保员工周六加班后的总工资不低于法定标准，且协议内容不违反其他强制性法律规定。
法律背景与解释：
加班费支付标准：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在休息日（如周六）加班的，用人单位应当首先安排补休；不能安排补休的，应当按照不低于员工本人日或小时工资标准的200%支付加班费。
- 这意味着，如果公司仅按工作日工资支付周六的加班费，而不提供补休或支付额外的加班费，那么这种做法是违法的。
协议的有效性：
- 虽然公司和员工可以签订协议，但协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定。
- 如果协议中关于周六加班费的支付标准低于法定标准，那么该协议中的这部分内容是无效的，员工仍有权要求公司按照法定标准支付加班费。
特殊情况下的合法性：
- 在某些特殊情况下，如公司能够确保员工周六加班后的总工资（包括基本工资和加班费）不低于法定标准，且协议内容不违反其他强制性法律规定，那么这种约定可能是合法的。但这种情况较为罕见，且需要公司进行详细的工资计算和合规性审查。
法律建议：
对于公司：
- 公司应严格遵守劳动法律法规，确保员工的加班费支付标准符合法定要求。
- 如果公司希望与员工就加班费支付标准进行协商，应确保协商结果不违反法律、行政法规的强制性规定，并充分保障员工的合法权益。
对于员工：
- 员工应了解自己的加班费权益，并要求公司按照法定标准支付加班费。
- 如果公司违反法律规定，员工可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。
可能的法律后果：
- 如果公司违反法律规定，未按照法定标准支付加班费，员工有权要求公司补发加班费，并可能获得相应的经济补偿。
- 在严重情况下，公司还可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等。
进一步思考：
- 公司在制定加班政策时，应充分考虑员工的权益和公司的合规性要求，避免因为加班费支付问题而引发劳动争议。
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班费支付标准的内容，确保自己的权益得到充分保障。如有任何疑问或不确定之处，应及时向公司或专业律师咨询。
如有任何具体法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。