结论：劳动合同中公司与员工自行约定每天上6.5小时、每周上6天、周六是工作日，这种安排是否合法，需根据具体情况判断，但在多数标准工时制下且未获特殊工时批准的情况下，这种安排可能不合法。以下从多个角度进行分析：
一、合法情况分析
特殊工时制度下的合法性：
- 如果公司所在行业或岗位属于交通、铁路、邮电等因工作性质需要连续作业的行业，或者受季节和自然条件限制的行业，且已经劳动行政部门批准实行不定时工作制或综合计算工时工作制，那么在这种特殊工时制度下，虽然员工可能一周工作6天，但只要总的工作时间不超过法律规定的平均每周工作时间（即44小时），这种安排是合法的。
劳动合同约定与标准工时制的符合性：
- 在标准工时制下（即每天工作不超过8小时，每周工作不超过44小时），如果劳动合同中明确约定了每周工作6天，但每天工作时间缩短至6.5小时，使得总工作时间不超过44小时，且公司能保证员工每周至少休息一天，那么这种约定在形式上符合标准工时制的要求，但需注意，这种安排仍需考虑员工的实际休息权益和劳动强度，避免变相加班。不过，从严格法律条文解读，只要总工时未超44小时且保证每周至少一天休息，可视为合法，但实践中可能因劳动强度等问题引发争议。
二、不合法情况分析
超过法定工作时间：
- 在标准工时制下，如果公司未经批准擅自安排员工一周工作6天，且总工作时间超过44小时（即6天×6.5小时=39小时，虽未直接超44小时，但需考虑是否存在其他加班情形或是否实质影响员工休息），或者虽然总工作时间未超44小时，但未保证员工每周至少休息一天，那么这种安排是不合法的。此外，若存在其他隐性的加班时间（如午休时间被占用、下班后开会等），也可能导致实际工作时间超标。
未经批准的特殊工时制度：
- 如果公司未经劳动行政部门批准，擅自实行特殊工时制度并约定每周工作6天，那么这种约定也是不合法的。特殊工时制度的实行必须经过劳动行政部门的批准，否则公司无权自行决定。
三、法律建议与风险提示
对于公司：
- 在安排员工的工作时间时，应严格遵守相关法律法规，确保员工的合法权益不受侵害。如果需要实行特殊工时制度，应提前向劳动行政部门申请批准。
- 在制定劳动合同和工作时间安排时，应充分考虑员工的实际休息权益和劳动强度，避免变相加班和过度劳累。
对于员工：
- 应了解自己的权益和义务，如遇到不合法的工作时间安排或未得到应有的休息权益，有权向公司提出异议或向劳动监察部门投诉。
- 在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于工作时间和休息时间的约定，确保自己的权益得到保障。
示例说明：假设某公司未经批准擅自实行每周工作6天的制度，且每天工作6.5小时，总工作时间为39小时，但未保证员工每周至少休息一天。在这种情况下，员工有权向劳动监察部门投诉公司的违法行为，并要求公司改正工作时间安排或支付加班费。
后续行动建议：如果您或您所在的公司面临类似的工作时间安排问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和解决方案。