结论：员工签署工资及所有费用结清协议后，仍可就未缴纳社保问题提起诉讼，但能否胜诉需结合具体情况判断。以下从法律角度分情况说明：

1. 社保缴纳的强制性
   根据《社会保险法》第五十八条，用人单位必须自用工之日起30日内为员工办理社保登记，这是法定义务，不因双方协议约定而免除。即使员工签署了“费用结清”协议，若协议中未明确包含社保补偿条款（如补缴或折现赔偿），员工仍有权要求补缴社保或主张相关权益。

2. 协议效力与例外情形

   • 有效情形：若协议中明确约定“社保费用已以现金形式补偿，员工放弃后续主张权利”，且补偿金额合理（通常需达到当地社保缴费基数的一定比例），法院可能认定协议有效，驳回员工诉求。
     
   • 无效情形：若协议未提及社保补偿，或补偿金额显著低于法定标准（如仅象征性支付几百元），法院可能认定协议显失公平，支持员工要求补缴社保或赔偿损失的请求。

3. 员工维权路径

   • 行政投诉：员工可向当地社保部门举报，要求用人单位补缴社保（需提供劳动合同、工资流水等证据）。
     
   • 劳动仲裁/诉讼：若涉及社保损失赔偿（如因未缴社保导致无法享受医保报销），员工可申请劳动仲裁或直接起诉，要求用人单位承担赔偿责任。

4. 用人单位应对建议

   • 完善协议条款：在费用结清协议中明确社保补偿方式（如补缴或折现赔偿）及金额，并由员工签字确认。
     
   • 留存证据：保留协议原件、转账记录、员工书面确认文件等，以证明社保问题已妥善处理。
     
   • 主动补缴：若未缴纳社保，建议尽快补缴以避免行政处罚及员工后续主张权利。

提示：社保问题涉及行政强制与民事赔偿双重法律关系，即使员工签署结清协议，用人单位仍需谨慎处理。如有具体案件细节，可进一步向我咨询，我会结合证据材料提供针对性分析。