结论：劳务合同中漏卡扣加班费是否合法，需根据具体情况判断，但一般情况下，漏卡扣加班费的行为是不合法的。以下从不同角度进行分析：
一、法律角度
加班费支付义务：
- 根据《劳动法》及相关规定，用人单位安排劳动者加班的，应当按照国家有关规定支付加班费。这是用人单位的法定义务，不得以任何理由免除或变相免除。
考勤记录与加班费支付：
- 考勤记录是证明劳动者加班事实的重要依据。如果用人单位因漏卡等原因未能准确记录劳动者的加班时间，导致无法支付加班费，这并不免除其支付加班费的义务。用人单位应当通过其他方式（如工作记录、同事证言等）来证明劳动者的加班时间，并据此支付加班费。
违法后果：
- 如果用人单位故意漏卡或以其他方式逃避支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及可能的赔偿金。
二、实际操作角度
劳动者应对措施：
- 如果劳动者发现自己的加班费被漏卡扣除，首先应当与用人单位沟通，要求用人单位核实加班时间并支付加班费。
- 如果沟通无果，劳动者可以收集相关证据（如工作记录、同事证言、电子邮件等）来证明自己的加班事实，并向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。
用人单位注意事项：
- 用人单位应当建立完善的考勤制度，确保准确记录劳动者的加班时间。
- 如果因漏卡等原因导致加班费支付问题，用人单位应当积极与劳动者沟通，通过其他方式核实加班时间并支付加班费，以避免法律纠纷。
三、特殊情况考虑
劳务合同与劳动合同的区别：
- 需要注意的是，劳务合同与劳动合同在法律性质上有所不同。劳务合同通常适用于非全日制、临时性或特定项目的工作关系，而劳动合同则适用于全日制、长期性的工作关系。然而，无论哪种合同，用人单位都应当遵守劳动法律法规，支付劳动者应得的加班费。
合同条款的合法性：
- 如果劳务合同中明确约定了加班费的支付方式和标准，但用人单位因漏卡等原因未能按照约定支付，这仍然构成违法行为。合同条款不能违反法律法规的强制性规定，否则无效。
建议：如果你或你身边的人遇到了劳务合同中漏卡扣加班费的问题，建议首先与用人单位沟通解决。如果沟通无果，可以收集相关证据并向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁。同时，也可以向我咨询具体的法律问题和应对策略，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。