结论前置：在仲裁认定存在劳动关系的情况下，加班基数的计算通常不包含已经支付的加班费。
详细分析：
加班基数的确定原则：
- 根据《工资支付暂行规定》及相关劳动法律法规，加班基数一般是指劳动者在正常工作时间内的工资标准，这是计算加班费的基础。
- 加班基数通常不包括加班费、奖金、津贴、补贴等额外收入，因为这些收入是基于劳动者已经付出的额外劳动或特定条件而获得的，不应再作为计算加班费的基数。
仲裁认定劳动关系后的影响：
- 当仲裁认定存在劳动关系时，意味着劳动者与用人单位之间建立了法定的劳动权利义务关系，劳动者的权益受到劳动法律法规的全面保护。
- 在这种关系下，加班基数的计算应遵循上述原则，即基于正常工作时间内的工资标准，而不包括已经支付的加班费。
实际操作中的注意事项：
- 劳动者在主张加班费时，应明确加班基数的计算方式，并提供相关证据证明自己的正常工作时间工资标准。
- 用人单位在支付加班费时，也应按照法定标准计算，确保加班基数的准确性，避免引发劳动纠纷。
特殊情况下的处理：
- 如果劳动合同或用人单位的规章制度中明确规定了加班基数的计算方式，且该规定不违反法律法规的强制性规定，那么应按照约定执行。
- 但如果劳动合同或规章制度中的规定模糊不清或存在歧义，导致加班基数的计算产生争议，那么应依据相关法律法规和公平原则进行解释和判定。
法律建议：
- 对于劳动者而言，如果认为自己的加班费计算存在争议，可以向用人单位提出异议，并要求重新计算加班费。如果用人单位拒绝或无法给出合理解释，劳动者可以向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于用人单位而言，应建立健全的工资支付和加班管理制度，明确加班基数的计算方式，并确保按照法定标准支付加班费，以避免引发劳动纠纷和法律风险。
示例说明：
假设劳动者的正常工作时间工资为每月5000元，某月加班了10小时，且该月已经支付了加班费500元（假设按每小时50元计算，但此计算方式仅为示例，实际应按法定标准计算）。在仲裁认定存在劳动关系后，计算该月应支付的加班费时，应以5000元为加班基数，而不是以5000元加上已经支付的500元加班费为基数。如果法定加班费计算标准为每小时工资的1.5倍（假设正常工作时间每小时工资为5000元/21.75天/8小时≈28.74元，则加班费每小时为28.74元*1.5≈43.11元），那么该月应支付的加班费为43.11元*10小时=431.1元（实际计算中应四舍五入到合适的小数位数），而不是基于更高的基数计算。
希望以上分析能对您有所帮助。如果您在劳动纠纷方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。