在劳动仲裁中，加班费以基本工资为基数计算是合法的。具体分析如下：
法律依据与解释
《中华人民共和国劳动法》第四十四条：该条规定了加班费的支付标准，即按照不低于劳动者正常工作时间工资的工资报酬的一定比例支付。这里的“工资”并未明确指定为全部工资收入，因此为基本工资作为加班费计算基数提供了法律空间。
原劳动部办公厅《关于<劳动法>若干条文的说明》：该说明进一步阐释了《劳动法》第四十四条中的“工资”，指出对于实行计时工资的用人单位，指的是用人单位规定的其本人的基本工资。这一解释明确支持了基本工资作为加班费计算基数的合法性。
实际案例支持
罗宏哲案：在此案中，法院认为用人单位以基本工资为基数计算加班费，符合相关法律及规章的规定，并无不当。这一判决结果直接支持了加班费以基本工资为基数计算的合法性。
刘雪花案：此案中，法院同样认为劳动合同中约定的加班费计算基数为基本工资不违背法律规定，且该基本工资不低于当地最低工资标准，因此该约定合法有效。这一判决也进一步印证了加班费以基本工资为基数计算的合法性。
注意事项
劳动合同约定：在实际操作中，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定加班费的计算基数。如果劳动合同中有明确约定，且该约定不违反法律、法规的强制性规定，那么应按照劳动合同约定的基数计算加班费。
最低工资标准：用人单位在确定加班费计算基数时，应确保该基数不低于当地最低工资标准。如果基本工资低于最低工资标准，那么应以最低工资标准作为加班费的计算基数。
综上所述，在劳动仲裁中，加班费以基本工资为基数计算是合法的。这一结论既符合相关法律、法规的规定，也得到了实际案例的支持。如果劳动者对加班费的计算有异议，可以依法向劳动仲裁机构申请仲裁，以维护自己的合法权益。