结论：保险上涨未从员工工资扣除是否合法不能一概而论，需分情况讨论，具体如下：

1. 若用人单位与员工有明确约定保险费用扣除方式，且上涨部分按约定应由员工承担但未扣除：

   • 不合法情形：如果双方劳动合同、集体合同或者规章制度中明确规定了保险费用（包括上涨部分）的扣除方式，且约定应由员工承担上涨部分费用，用人单位未按照约定从员工工资中扣除的，这种行为可能违反了双方之间的约定。不过，这种不合法主要是基于合同违约层面，而非直接违反法律法规的强制性规定。员工可以依据合同约定，与用人单位进行协商，要求用人单位按照约定履行扣除义务或者采取其他补救措施。
   • 合法情形：但如果用人单位虽然与员工有约定扣除方式，但出于某些合理原因（如财务操作失误、暂时资金周转问题等），在短期内未从员工工资中扣除上涨部分费用，且及时与员工沟通说明情况，并承诺后续会按照约定进行扣除或者采取其他合理方式解决的，这种行为一般不构成违法。用人单位在后续应及时纠正，按照约定履行义务。

2. 若用人单位与员工未明确约定保险费用扣除方式，或约定应由用人单位承担上涨部分费用：

   • 合法情形：如果双方没有明确约定保险费用（包括上涨部分）的扣除方式，或者约定应由用人单位承担上涨部分费用，那么用人单位未从员工工资中扣除上涨部分费用是合法的。在这种情况下，用人单位有义务自行承担保险费用的上涨部分，不能擅自将费用转嫁给员工。
   • 潜在风险：然而，如果用人单位在未与员工协商一致的情况下，擅自改变保险费用的承担方式，试图将上涨部分费用转嫁给员工，即使未从工资中扣除，而是通过其他方式（如要求员工现金支付等）让员工承担，这种行为也是不合法的。员工有权拒绝这种不合理的要求，并可以向劳动监察部门投诉或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。

3. 从法律法规强制性规定角度：

   • 合法情况：根据《中华人民共和国社会保险法》等相关法律法规，用人单位有义务为员工缴纳社会保险费用，但并没有明确规定保险费用上涨部分必须从员工工资中扣除。因此，从法律法规的强制性规定来看，用人单位未从员工工资中扣除保险上涨部分费用，本身并不直接违反法律规定。
   • 需注意情况：但是，如果用人单位通过不从工资中扣除上涨部分费用的方式，变相降低员工工资待遇（如将原本应由员工承担的保险费用上涨部分，通过降低员工其他工资项目的方式予以抵消），这种行为可能涉嫌违反最低工资标准等相关规定，是不合法的。员工可以向劳动监察部门举报，要求用人单位纠正违法行为。