结论：公司从员工工资中扣除保险费用是否合法，需分情况讨论，具体如下：

1. 社会保险费用的扣除
   根据《社会保险法》和《工资支付暂行规定》，用人单位必须为员工缴纳社会保险（包括养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险、生育保险），其中员工个人承担的部分（如养老保险个人8%、医疗保险个人2%等）可由公司从工资中代扣代缴。

   • 合法情形：公司按法定比例扣除员工个人应缴部分，且扣除后工资不低于当地最低工资标准。
     
   • 违法情形：
     
     • 公司未缴纳社保，却要求员工承担全部费用；
       
     • 扣除比例超过法定标准（如要求员工承担单位应缴部分）；
       
     • 扣除后工资低于最低工资标准。

2. 商业保险费用的扣除
   若公司为员工购买商业保险（如意外险、补充医疗险等），原则上需经员工书面同意，且费用一般由公司承担。若公司要求员工分摊费用，需满足：

   • 员工明确同意扣除；
     
   • 扣除金额合理且不违反劳动合同或集体合同约定；
     
   • 扣除后工资不低于最低工资标准。
     
   • 违法情形：未经员工同意强制扣除商业保险费用。

3. 其他注意事项

   • 最低工资保障：即使扣除社保后，员工实发工资也不得低于当地最低工资标准（部分地区含个人社保部分，需以当地政策为准）。
     
   • 劳动合同约定：若劳动合同中明确约定了保险费用承担方式，需按约定执行，但约定不得违反法律强制性规定。
     
   • 维权途径：若公司违法扣除，员工可向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁要求返还被扣款项。

建议：若您发现公司扣除保险费用存在异常（如比例过高、未经同意扣除商业险等），可先与公司沟通确认扣除依据；若协商无果，可进一步向我咨询具体维权方案。