结论：公司扣保底外工资是否合法，需根据具体情况判断，包括劳动合同约定、公司规章制度、扣款原因及是否符合法律规定等。以下从不同角度进行分析：

1. 劳动合同约定：

   • 合法情况：如果劳动合同中明确约定了工资构成，包括保底工资和绩效奖金等，且约定了公司在特定情况下（如员工违纪、业绩不达标等）可以扣除部分工资，那么公司扣除保底外工资的行为可能是合法的。但前提是这些约定不违反法律法规的强制性规定，且公司能够证明扣款的原因和依据。
   • 违法情况：如果劳动合同中没有明确约定扣款事项，或者约定不明确，公司擅自扣除保底外工资，则可能构成违法。

2. 公司规章制度：

   • 合法情况：公司规章制度中如果明确规定了扣款的条件和程序，且这些规定不违反法律法规，同时已经向员工公示或告知，那么公司依据规章制度扣除保底外工资可能是合法的。
   • 违法情况：如果公司规章制度未经过民主程序制定，或者未向员工公示或告知，或者规定的内容违反法律法规，那么公司依据这些规章制度扣除保底外工资则是违法的。

3. 扣款原因及合法性：

   • 合法扣款：如果公司扣除保底外工资是因为员工存在违纪行为、给公司造成损失等合法原因，且扣款金额合理，那么这种扣款可能是合法的。例如，员工因疏忽导致公司财产损失，公司可以根据实际情况扣除部分工资作为赔偿。
   • 违法扣款：如果公司扣除保底外工资没有合法原因，或者扣款金额过高，超出了员工可以承受的范围，那么这种扣款则是违法的。例如，公司无故扣除员工工资，或者以罚款为名扣除员工工资等。

4. 法律法规限制：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，公司不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。如果公司扣除保底外工资的行为违反了这些规定，那么就是违法的。
   • 同时，根据《工资支付暂行规定》等法规，公司扣除员工工资时，应当事先告知员工扣款的原因和依据，且扣款金额不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。

建议：

• 如果您认为公司扣除保底外工资的行为违法，可以先与公司进行协商，要求公司说明扣款的原因和依据，并要求公司补发被扣除的工资。
• 如果协商无果，您可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 在处理此类纠纷时，建议您保留好相关证据，如劳动合同、工资条、公司规章制度等，以便在需要时提供证明。

后续行动：

• 如果您需要进一步的法律帮助或咨询，可以直接向我提问，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。