公司扣工资做保证金是不合法的。以下从法律角度为您详细分析：
法律依据
根据《劳动合同法》第八十四条的规定，用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。这意味着，无论公司以何种理由扣工资作为保证金，都是违法的。
法律后果
退还保证金：如果公司已经扣了您的工资作为保证金，您有权要求公司退还。劳动行政部门在接到投诉或控告后，也会责令公司在一定时间内退还。
罚款：除了退还保证金外，公司还可能面临劳动行政部门的罚款，罚款标准为每人五百元以上二千元以下。
赔偿责任：如果公司的行为给您造成了损害，比如因扣保证金导致您生活困难或产生其他经济损失，公司还需要承担赔偿责任。
维权建议
收集证据：首先，您需要收集公司扣工资作为保证金的证据，比如工资条、银行转账记录、公司通知或规定等。
投诉或控告：然后，您可以向当地劳动监察部门进行投诉或控告。劳动监察部门会依法进行调查，并责令公司退还保证金和罚款。
申请劳动仲裁：如果投诉或控告没有得到满意的结果，您还可以直接申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会会依法进行裁决，维护您的合法权益。
注意事项
及时维权：一旦发现公司扣工资作为保证金，您应该及时维权，不要拖延。因为时间过长可能会导致证据丢失或维权难度增加。
保留证据：在整个维权过程中，您都需要保留好相关证据，以便在需要时提供证明。
咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些法律建议，但每个人的情况都是不同的。如果您在维权过程中遇到任何问题或困难，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况为您提供更详细的法律建议。
综上所述，公司扣工资做保证金是不合法的。如果您遇到了这种情况，不要害怕或犹豫，及时维权才是最重要的。