公司扣安全保证金是不合法的。以下从不同角度为你详细分析：

法律角度

根据《劳动合同法》第九条明确规定，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。安全保证金属于以其他名义向劳动者收取财物的范畴，因此公司扣安全保证金的行为违反了该法律规定。

实际操作与风险角度

1. 对劳动者的影响：公司扣安全保证金，直接损害了劳动者的经济利益。劳动者本应获得的完整工资报酬，因公司的不当扣款而减少，这无疑增加了劳动者的经济负担。而且，这种行为还可能让劳动者对公司产生不信任感，影响工作积极性和稳定性。
2. 对公司的风险：公司扣安全保证金，除了面临法律制裁外，还可能引发劳动纠纷。一旦劳动者对公司扣安全保证金的行为不满，可能会向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁、诉讼。这不仅会耗费公司大量的时间和精力去应对，还可能损害公司的声誉和形象，影响公司的正常运营和发展。

应对建议

如果公司已经扣了你的安全保证金，你可以采取以下措施来维护自己的合法权益：

1. 与公司协商：首先，你可以尝试与公司进行协商，要求公司退还扣取的安全保证金。在协商过程中，你可以明确指出公司的行为违反了法律规定，并表明自己维护合法权益的决心。
2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对公司的违法行为进行调查和处理，并要求公司退还扣取的安全保证金。
3. 提起劳动仲裁或诉讼：如果劳动监察部门的处理结果不能满足你的要求，你还可以向劳动仲裁机构提起劳动仲裁或向人民法院提起诉讼。通过法律途径来维护自己的合法权益，让公司承担相应的法律责任。

总之，公司扣安全保证金是不合法的行为，劳动者有权拒绝并维护自己的合法权益。如果你遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。