结论：星期六上班没写加班单，公司不支付工资是否违法，需分情况讨论，若星期六属于正常工作日且公司未安排调休，不支付工资违法；若星期六属于休息日且公司未安排加班或未支付加班费，不支付工资同样违法；但若公司有明确规章制度且已告知员工，员工未遵守导致工资发放问题，则可能不违法。以下为详细分析：
一、星期六属于正常工作日的情况
法律规定：
- 根据《劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。若公司实行标准工时制，且星期六被安排为正常工作日（例如，因业务需要或行业特性，公司实行六天工作制，但每周总工作时间未超过法定标准），则星期六上班应视为正常出勤，公司应支付正常工资。
加班单的作用：
- 加班单通常是公司用于记录员工加班时间、计算加班费的凭证。但在星期六作为正常工作日的情况下，员工上班无需额外填写加班单，公司也应按正常工资支付。
不支付工资的违法性：
- 若公司以未填写加班单为由拒绝支付星期六的工资，且星期六确实属于正常工作日，则公司的行为构成违法，员工有权要求公司支付工资，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
二、星期六属于休息日的情况
法律规定：
- 根据《劳动法》第四十四条，休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。
加班单的作用：
- 在休息日加班的情况下，加班单是证明员工加班事实的重要证据。若公司要求员工填写加班单以确认加班时间，员工应遵守。但加班单的缺失并不直接导致公司无需支付加班费，关键在于员工是否能提供其他证据证明加班事实（如工作记录、同事证言等）。
不支付工资的违法性：
- 若星期六属于休息日，且公司安排了员工加班但未支付加班费（无论是否填写加班单），则公司的行为构成违法。员工有权要求公司支付加班费，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
三、公司规章制度的影响
规章制度的内容：
- 若公司有明确的规章制度，规定加班需填写加班单，且该制度已通过民主程序制定并告知员工，则员工应遵守。但规章制度不得违反法律法规的强制性规定，如不得以未填写加班单为由拒绝支付正常工资或加班费。
未遵守规章制度的后果：
- 若员工因未填写加班单而违反公司规章制度，公司可根据规章制度进行相应处理（如警告、扣分等），但不得以此为由拒绝支付工资或加班费。若公司因此拒绝支付，员工仍有权要求公司支付，并可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
建议：若您遇到星期六上班未填写加班单且公司拒绝支付工资的情况，首先确认星期六是否属于正常工作日或休息日，并收集相关证据（如工作记录、同事证言、公司规章制度等）。然后，与公司协商要求支付工资或加班费；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁以维护自身权益。如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。