以租代征在农用地上非法建设厂房属于严重违法行为，需承担行政、民事甚至刑事责任，具体处理方式需结合违法情节及损害后果综合判定。以下从法律定性、责任承担、处理程序三个维度展开分析：
一、法律定性：违反土地管理核心制度
“以租代征”的违法性
根据《土地管理法》第44条、第6十三条，农用地转为建设用地需依法办理农用地转用审批手续，且仅能因公共利益需要由政府征收后实施。以租赁形式规避审批程序，将农用地直接用于非农建设（如建厂房），本质是未经批准非法占用土地，违反土地用途管制制度。
非法建设厂房的双重违法
在非法占用的土地上建设厂房，同时构成《土地管理法》第77条“非法占用土地”和第75条“破坏耕地”（若占用耕地）的违法行为。若厂房建设未取得建设工程规划许可证，还可能违反《城乡规划法》第64条，面临规划部门处罚。
二、责任承担：行政、民事、刑事三重追责
行政责任
- 拆除与复垦：根据《土地管理法》第77条，自然资源主管部门可责令限期拆除厂房、退还土地，并恢复土地原状（如复垦为耕地）。
- 罚款：按非法占用土地面积处以罚款（耕地每平方米1000元以下，其他土地每平方米100元以下）。
- 责任人处分：对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，依法给予处分（如警告、记过、降级等）。
民事责任
- 土地权利人索赔：若土地为集体所有或他人承包经营，权利人可依据《民法典》第238条要求侵权人停止侵害、赔偿损失（如土地收益损失、复垦费用等）。
- 合同无效风险：租赁合同因违反法律强制性规定（如《土地管理法》第6十三条）而无效，双方需返还财产，过错方（通常是出租方或承租方）需赔偿对方因此遭受的损失。
刑事责任
- 非法占用农用地罪：若非法占用基本农田5亩以上或基本农田以外的耕地10亩以上，造成耕地种植条件严重毁坏，依据《刑法》第342条，对直接责任人员可处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
- 其他罪名关联：若建设过程中存在伪造公文、行贿等行为，可能同时构成伪造国家机关公文罪、行贿罪等，需数罪并罚。
三、处理程序：多部门联动执法
- 立案调查：自然资源主管部门发现线索后，应立案调查，收集证据（如现场勘验笔录、土地利用现状图、租赁合同等）。
- 行政处罚告知与听证：作出处罚决定前，需告知当事人陈述、申辩及申请听证的权利。
- 强制执行：当事人逾期不履行拆除义务的，自然资源主管部门可申请法院强制执行。
- 刑事移送：若涉嫌犯罪，自然资源主管部门应将案件移送公安机关，由其立案侦查。
建议：若您涉及此类纠纷，需立即停止违法行为，配合调查并主动整改（如拆除厂房、复垦土地），以减轻处罚。若已收到处罚决定或面临诉讼，可进一步向我提供具体情节（如土地类型、占用面积、建设时间等），我将结合证据材料为您制定应对方案。