结论是：公司按照兼职工资算实习三天的工资是否合法，取决于您与公司之间的约定以及实际工作情况。若未明确约定为兼职且实际工作为全职性质，则公司做法不合法；若已明确约定为兼职或实际工作符合兼职特征，则公司做法可能合法。
一、从劳动合同或约定角度分析
若存在书面或口头约定：
- 如果您在应聘时与公司有明确的书面或口头约定，规定了实习期间的工资标准、工作性质（全职或兼职）等，那么公司应当按照约定来支付工资。
- 若约定为全职实习，公司却按兼职工资支付，则构成违约，您有权要求公司按照全职工资标准支付差额部分。
若不存在明确约定：
- 在没有明确约定的情况下，需要参考行业惯例、公司规章制度以及实际工作情况来判断。
- 如果实际工作情况更符合全职工作的特征（如工作时间、工作量、职责等），则公司按兼职工资支付可能不合理。
二、从实际工作情况角度分析
全职与兼职的区别：
- 全职工作通常意味着员工需要按照公司规定的工作时间和工作量完成工作任务，享受全职员工的福利待遇。
- 兼职工作则通常具有工作时间灵活、工作量相对较少等特点，工资标准也可能与全职不同。
实际工作情况判断：
- 如果您在实习期间实际上承担了全职店长的工作职责，如管理店铺、监督员工、处理客户投诉等，且工作时间与全职员工相近，那么公司按兼职工资支付显然不合理。
- 如果实际工作情况更符合兼职的特征，如工作时间短、工作量少、不承担全职员工的职责等，则公司按兼职工资支付可能合理。
三、法律建议与后果
与公司协商：
- 您可以首先尝试与公司进行协商，明确实习期间的工资标准和工作性质，要求公司按照约定或实际工作情况支付工资。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，您可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付差额工资。
- 在申请劳动仲裁时，您需要提供相关证据，如工作记录、聊天记录、证人证言等，以证明您的实际工作情况和工资标准。
法律后果：
- 如果公司被认定存在违法行为，可能需要支付差额工资、经济补偿金等，并可能面临劳动行政部门的处罚。
建议您先回顾与公司的约定和实际工作情况，明确自己的权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。