公司停止运营并停止发工资是否合法，需根据具体情况判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
协商一致：
- 若公司因经营策略调整、市场变化等原因需要暂时停止运营，并与员工就停工停薪事宜进行了充分沟通，双方达成一致意见，且该决定不违反法律法规的强制性规定，那么公司停止运营并停止发工资的行为是合法的。例如，公司因业务转型需暂时停工，与员工协商后，员工同意在停工期间暂停工资发放，待恢复生产后再进行工作安排和工资补发。
法定情形停工：
- 不可抗力因素：如自然灾害（地震、洪水等）、战争、社会动乱等社会异常事件导致公司无法正常运营时，公司可依法停工，并根据实际情况调整工资支付方式。但在此情况下，公司应尽力保障员工的基本生活需求。
- 政府行政命令：若政府基于公共利益或特定政策要求公司停工停产，公司按照政府要求执行停工，期间的停工停薪行为属合法范围。但公司应对员工做出合理安置或补偿，如提供基本生活费、安排转岗等。
- 企业经营严重困难：公司出现生产经营严重困难，如资金链断裂、市场萎缩等情况，且经过法定程序（如向工会或职工代表说明情况，听取意见等）后，可对员工进行停工放假，并按规定支付工资或生活费。在此情况下，公司停止运营并停止发工资的行为需符合相关法律法规的规定。
特定期间停工：
- 如员工处于工伤停工留薪期，根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。但此情况并不适用于公司整体停止运营的情形，而是针对个别受伤员工的特殊规定。
二、不合法情况
未经协商单方决定：
- 若公司未经与员工协商，擅自单方面决定停止运营并停止发工资，这侵犯了员工的合法权益，属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位变更劳动合同应与劳动者协商一致，并采用书面形式。
以停工停薪逼迫员工离职：
- 若公司为避免支付经济补偿金等费用，采用停工停薪方式逼迫员工主动离职，这明显违反法律规定。员工可通过法律途径维护自己的权益，如向劳动监察部门投诉或向劳动仲裁部门申请仲裁。
违反非工伤停工停产规定：
- 非因员工原因造成公司停工、停产时，若公司未按规定支付员工工资或生活费，则构成违法行为。具体支付标准依据停工停产的原因、期限及员工是否提供正常劳动来确定。例如，根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
三、劳动者权益保护
解除劳动合同与经济补偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若公司未按照劳动合同约定提供劳动条件或未及时足额支付劳动报酬，员工可以解除劳动合同并要求支付经济补偿金。经济补偿金的标准按员工在公司工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向员工支付半个月工资的经济补偿。
劳动争议处理：
- 若员工与公司因停工停薪发生争议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。建议员工先与公司进行协商，若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或向劳动仲裁部门申请仲裁。若对仲裁结果不服，还可向人民法院提起诉讼。
建议：若您所在的公司停止运营并停止发工资，您应首先与公司进行协商，了解停工停薪的具体原因和期限。若协商无果，您可向当地劳动监察部门投诉或向劳动仲裁部门申请仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。