公司停职停薪不发工资是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
协商一致：
- 如果公司因生产经营调整等原因需要暂时停工，并与员工进行了充分沟通，员工同意在停工期间暂停工资发放，待恢复生产后再进行工作安排和工资补发，且这种安排不违反法律法规的强制性规定，那么这种停职停薪的行为是合法的。
法定情形停工：
- 不可抗力因素：如自然灾害（地震、洪水等）或社会异常事件（战争、社会动乱等）导致公司无法正常生产，公司可以停工并根据实际情况调整工资支付方式，但需保障员工的基本生活。
- 政府行政命令：政府基于公共利益或特定政策要求公司停工停产，公司按照政府要求执行停工，期间的停工停薪属于合法范围，但公司应对员工做出合理安置或补偿。
- 企业经营严重困难：公司出现生产经营严重困难，如资金链断裂、市场萎缩等情况，经过法定程序（如向工会或职工代表说明情况，听取意见等）后，可对员工进行停工放假，并按规定支付工资或生活费。
工伤停工留薪期：
- 根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。但此情况主要针对工伤员工，且停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可适当延长，但不得超过12个月。不过，若公司在此期间不发工资，则属于违法行为。
二、不合法情况
未经协商单方决定：
- 公司未经与员工协商，擅自单方面决定停职停薪，侵犯了员工的合法权益，属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》，公司变更劳动合同应与员工协商一致，并采用书面形式。
以停职停薪逼迫员工离职：
- 公司为避免支付经济补偿金等费用，采用停职停薪方式逼迫员工主动离职，明显违反法律规定。员工可通过法律途径维护自己的权益。
违反非工伤停工停产规定：
- 非因员工原因造成公司停工、停产时，若公司未按规定支付员工工资或生活费，则构成违法行为。具体支付标准依据停工停产的原因、期限及员工是否提供正常劳动来确定。例如，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资；超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理，如支付生活费等。
三、员工权益保护
解除劳动合同与经济补偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若公司未按照劳动合同约定提供劳动条件或未及时足额支付劳动报酬，员工可以解除劳动合同并要求支付经济补偿金。
劳动争议处理：
- 员工与公司因停职停薪发生争议时，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。建议员工在处理过程中妥善保存相关证据，如劳动合同、工资条、停工通知等，以确保诉求得到支持。
总结与建议：
公司停职停薪不发工资是否合法，关键在于是否符合法律法规的规定以及是否与员工进行了充分协商。如果公司未经协商擅自停职停薪，或以停职停薪逼迫员工离职，或违反非工伤停工停产规定未支付工资或生活费，则属于违法行为。员工在遇到此类情况时，应首先尝试与公司协商解决；若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁；必要时，还可向法院提起诉讼以维护自己的合法权益。
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