公司停职留薪（此处理解为停薪留职）的合法性需根据具体情况判断，不能一概而论。以下是对该问题的详细分析：
合法情形
双方协商一致且有明确约定：
- 如果用人单位与劳动者就停薪留职事宜进行了充分沟通和协商，并自愿达成一致意见，且通过书面协议等形式明确约定了停薪留职的期限、双方权利义务等内容，那么这种停薪留职是合法的。例如，因经营困难进行业务调整时，用人单位可与员工协商停薪留职，并在协议中约定保留社保缴纳等事项。
符合内部规章制度：
- 如果单位内部有关于停薪留职的合法规章制度，且该规章制度的制定程序合法（如经过民主程序制定、向劳动者公示等），员工按照规章制度规定的流程申请并获得批准后进行停薪留职，那么这种停薪留职也是合法的。
劳动关系存续：
- 即使员工停薪留职，其与用人单位之间的劳动关系仍然存续，受《劳动法》保护。这意味着，在停薪留职期间，用人单位仍需履行一定的义务，如保留员工档案、缴纳社会保险（除非双方另有约定且不违反法律法规）等。
违法情形
未经协商擅自决定：
- 如果用人单位未与劳动者协商，单方强制要求劳动者停薪留职，那么这种行为侵犯了劳动者的合法权益，属于违法行为。劳动者有权拒绝这种不合理的安排，并可以通过法律途径维护自己的权益。
违反法律法规强制性规定：
- 在停薪留职期间，如果用人单位停止为员工缴纳社会保险，那么这种行为违反了《社会保险法》的强制性规定，属于违法行为。此外，如果停薪留职的安排违反了其他法律法规的强制性规定，如无故停发劳动者工资等，也属于违法行为。
损害劳动者权益的不合理安排：
- 如果停薪留职期限过长且不合理，或在停薪留职期满后拒绝员工返岗要求等情况，也可能涉嫌违法。这些行为都可能损害劳动者的合法权益，引发劳动争议。
法律建议
对于用人单位：在考虑停薪留职时，应确保与劳动者进行充分沟通和协商，并达成一致意见。同时，应制定合法的规章制度来规范停薪留职的流程和要求。在停薪留职期间，应履行相应的义务，如保留员工档案、缴纳社会保险（除非双方另有约定且不违反法律法规）等。
对于劳动者：如果面临用人单位的停薪留职安排，应先与用人单位进行沟通协商，了解具体安排和权利义务。如果认为安排不合理或侵犯了自己的合法权益，可以拒绝并寻求法律途径维护自己的权益。例如，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。
综上所述，公司停薪留职的合法性需根据具体情况判断。在大多数情况下，未经协商或无正当理由的停薪留职是不合法的。用人单位应遵守相关法律法规，寻求合法且兼顾员工利益的解决方案。劳动者也应了解自己的权益和维权途径，在必要时采取行动维护自己的合法权益。