公司停职停薪是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
协商一致：
- 用人单位与劳动者经平等协商，就停职停薪达成一致意见，且不违反法律法规的强制性规定时，该行为合法。例如，因企业生产经营调整需暂时停工，与员工充分沟通后，员工同意在停工期间暂停工资发放，待恢复生产后再进行工作安排和工资补发。这种情况下，停职停薪是双方自愿达成的协议，因此合法。
法定情形停工：
- 不可抗力因素：如地震、洪水等自然灾害或战争、社会动乱等社会异常事件导致企业无法正常生产时，企业可停工并根据实际情况调整工资支付方式，但需保障劳动者基本生活。这种情况下，停职停薪是出于不可抗力的原因，且企业已尽力保障劳动者基本生活，因此合法。
- 政府行政命令：政府基于公共利益或特定政策要求企业停工停产时，企业按照政府要求执行停工，期间的停职停薪属合法范围，但应对员工做出合理安置或补偿。这种情况下，停职停薪是执行政府命令的结果，且企业已对员工做出合理安置或补偿，因此合法。
- 企业经营严重困难：企业出现生产经营严重困难，如资金链断裂、市场萎缩等情况，经过法定程序（如向工会或职工代表说明情况，听取意见等）后，可对员工进行停工放假，并按规定支付工资或生活费。这种情况下，停职停薪是出于企业经营困难的原因，且企业已按照法定程序进行操作，并支付了相应的工资或生活费，因此合法。
工伤停工留薪期：
- 根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。这种情况下，停职不停薪是法律规定的特殊待遇，因此合法。
二、不合法情况
未经协商单方决定：
- 用人单位未经与劳动者协商，擅自单方面决定停职停薪，侵犯了员工的合法权益，属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位变更劳动合同应与劳动者协商一致，并采用书面形式。因此，未经协商单方面决定停职停薪是违法的。
以停职停薪逼迫员工离职：
- 用人单位为避免支付经济补偿金等费用，采用停职停薪方式逼迫员工主动离职，明显违反法律规定。劳动者可通过法律途径维护自己的权益，如向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等。
违反非工伤停工停产规定：
- 非因劳动者原因造成单位停工、停产时，若单位未按规定支付劳动者工资或生活费，则构成违法行为。具体支付标准依据停工停产的原因、期限及劳动者是否提供正常劳动来确定。例如，根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产在一个工资支付周期内的，用人单位应按劳动合同规定的标准支付劳动者工资。超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，则支付给劳动者的劳动报酬不得低于当地的最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理。
三、劳动者权益保护
解除劳动合同与经济补偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若用人单位未按照劳动合同约定提供劳动条件或未及时足额支付劳动报酬，劳动者可以解除劳动合同并要求支付经济补偿金。经济补偿金的标准按照劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动争议处理：
- 劳动者与用人单位因停职停薪发生争议时，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。其中，劳动仲裁是解决劳动争议的重要途径之一。劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
建议：作为劳动者，在面对公司停职停薪的情况时，应首先了解自己的权益和法律法规的规定。如果认为公司的行为违法或侵犯了自己的权益，可以通过与用人单位协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。