公司对员工停职是否合法，需根据具体情况及相关法律法规进行综合判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、合法停职的情况
协商一致：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括停职等安排。变更劳动合同应当采用书面形式，并由双方各执一份。
- 具体情形：若公司与员工就停职事宜达成一致，并明确停职期间的待遇、期限等，且以书面形式确定，则停职行为合法。例如，因业务调整或项目暂停，公司与员工协商后决定停职一段时间，并签订协议明确相关待遇。
员工违纪等法定情形：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者有严重违反用人单位规章制度、严重失职等情形的，用人单位可以解除劳动合同。在解除劳动合同前，公司可能根据内部规定对员工进行停职调查。
- 具体情形：若员工存在严重违纪行为，如多次旷工、盗窃公司财物等，公司可依据规章制度对员工进行停职处理，以便进行调查或等待进一步处理决定。
劳动合同或规章制度约定：
- 具体情形：如果劳动合同或公司规章制度中明确规定了停职的条件和程序，且这些规定不违反法律法规的强制性规定，公司在符合条件时可对员工进行停职。例如，劳动合同中约定员工在特定情况下需接受停职调查，且调查期间公司支付基本生活费。
二、非法停职的情况
无正当理由且未经协商：
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十九条，用人单位与劳动者应当按照劳动合同的约定全面履行各自的义务。未经协商一致擅自停职，可能构成违约。
- 具体情形：若公司无合理原因，未经与员工协商，擅自决定停职，且未支付停职期间的待遇或未提供合理理由，则停职行为可能违法。例如，公司因个人恩怨或无端猜测对员工进行停职，且未给予任何解释或补偿。
以停职变相裁员或逼迫辞职：
- 具体情形：若公司通过停职降低员工收入、改变工作条件等方式，变相逼迫员工主动辞职，以避免支付经济补偿金等费用，则停职行为违法。员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
未支付相应待遇或未提供合理安置：
- 具体情形：停职期间，若公司未按法律规定和双方约定支付员工相应的待遇（如基本生活费等），或未提供合理的工作安置方案，则停职行为可能违法。员工有权要求公司支付拖欠的待遇或提供合理的工作条件。
三、员工权益保障措施
与公司协商解决：员工首先可尝试与公司协商，要求恢复工作或支付停职期间的工资损失及相应待遇。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，员工可向当地劳动监察部门投诉，要求调查并处理公司的违法行为。劳动监察部门有权对公司进行调查，并责令其改正违法行为。
提起劳动仲裁或诉讼：若劳动监察部门未能解决问题，员工可提起劳动仲裁或诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。在仲裁或诉讼过程中，员工需提供相关证据证明公司的违法行为及自己的损失情况。
总结来说，公司对员工停职的合法性需根据具体情况和相关法律法规综合判断。在任何情况下，公司都应遵守法律法规和劳动合同规定，尊重员工权益，并与员工进行充分沟通和协商。员工在面临停职时，也应了解自己的权益和保障措施，及时采取适当行动维护自身合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。