公司停薪是否合法，需根据具体情况及法律法规进行综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
协商一致：
- 如果用人单位与劳动者经过平等协商，就停薪事宜达成一致意见，并且这种约定不违反法律法规的强制性规定，那么该停薪行为是合法的。例如，因企业生产经营调整需要暂时停工，与员工充分沟通后，员工同意在停工期间暂停工资发放，待恢复生产后再进行工作安排和工资补发。
法定情形停工：
- 不可抗力因素：如地震、洪水等自然灾害或战争、社会动乱等社会异常事件导致企业无法正常生产时，企业可停工并根据实际情况调整工资支付方式，但需保障劳动者基本生活。
- 政府行政命令：政府基于公共利益或特定政策要求企业停工停产时，企业按照政府要求执行停工，期间的停薪（实际可能为调整工资支付方式）属合法范围，但应对员工做出合理安置或补偿。
- 企业经营严重困难：企业出现生产经营严重困难，如资金链断裂、市场萎缩等情况，经过法定程序（如向工会或职工代表说明情况，听取意见等）后，可对员工进行停工放假，并按规定支付工资或生活费。
工伤停工留薪期：
- 根据《工伤保险条例》，职工因工作遭受事故伤害或患职业病需暂停工作接受医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月，特殊情况可适当延长，但不得超过12个月。
二、不合法情况
未经协商单方决定：
- 用人单位未经与劳动者协商，擅自单方面决定停薪，这侵犯了员工的合法权益，属于违法行为。根据《中华人民共和国劳动合同法》，用人单位变更劳动合同应与劳动者协商一致，并采用书面形式。
以停薪逼迫员工离职：
- 用人单位为避免支付经济补偿金等费用，采用停薪方式逼迫员工主动离职，这明显违反法律规定。劳动者可通过法律途径维护自己的权益，如申请劳动仲裁或提起诉讼。
违反非工伤停工停产规定：
- 非因劳动者原因造成单位停工、停产时，若单位未按规定支付劳动者工资或生活费，则构成违法行为。具体支付标准依据停工停产的原因、期限及劳动者是否提供正常劳动来确定。例如，根据《工资支付暂行规定》，非因劳动者原因造成单位停工、停产超过一个工资支付周期的，若劳动者提供了正常劳动，支付报酬不得低于当地最低工资标准；若劳动者没有提供正常劳动，应按国家有关规定办理（通常指支付基本生活费）。
三、劳动者权益保护
解除劳动合同与经济补偿：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》，若用人单位未按照劳动合同约定提供劳动条件或未及时足额支付劳动报酬，劳动者可以解除劳动合同并要求支付经济补偿金。
劳动争议处理：
- 劳动者与用人单位因停薪发生争议时，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。建议劳动者在争议发生时，及时收集相关证据，如工资条、劳动合同、停工通知等，以便在争议处理过程中维护自己的权益。
总结与建议：公司停薪的合法性取决于具体情况及法律法规的规定。在合法情况下，公司可依据相关规定进行停薪；在不合法情况下，劳动者有权通过法律途径维护自己的合法权益。如果你面临公司停薪的情况，建议首先与公司进行沟通协商，了解停薪的原因和期限，并要求公司出具书面通知。如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。