总包单位应首先核实分包上报的农民工工资日薪与合同日薪不一致的具体情况，并根据核实结果采取相应措施。具体处理方式如下：

1. 核实不一致原因：

   • 总包单位应要求分包单位提供详细的工资发放记录和农民工考勤记录，以核实上报的日薪与合同日薪不一致的具体原因。
   • 核实过程中，总包单位应关注是否存在计算错误、漏报、多报或故意虚报等情况。

2. 根据核实结果处理：

   • 若为计算错误或漏报：总包单位应要求分包单位立即更正，并按照合同约定的日薪标准重新上报工资数据。同时，总包单位应监督分包单位及时补发或调整农民工工资，确保农民工的合法权益不受损害。
   • 若为多报或故意虚报：总包单位应严肃处理，要求分包单位立即退还多报的工资款项，并对相关责任人进行处罚。若分包单位拒不配合，总包单位可依据合同条款或相关法律法规，采取法律手段追究分包单位的责任。

3. 加强后续监管：

   • 总包单位应加强对分包单位工资发放情况的监管，定期或不定期进行抽查，确保分包单位按照合同约定的标准发放农民工工资。
   • 同时，总包单位应建立健全的工资发放管理制度，明确各方职责和流程，防止类似问题再次发生。

4. 法律合规性审查：

   • 在处理过程中，总包单位应确保所有操作均符合相关法律法规的要求，避免因处理不当而引发法律纠纷。
   • 若对法律法规的理解或应用存在疑问，总包单位应及时咨询专业律师或相关法律机构，以确保处理结果的合法性和有效性。

在处理此类问题时，总包单位应保持与分包单位的良好沟通，确保问题得到妥善解决。若遇到复杂或疑难问题，可直接向我咨询，我将提供专业的法律意见和解决方案。