核心结论：合同中约定加班需填写加班申请，而员工未填写导致公司不认可加班的，员工能否主张加班权益需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析。
一、合同条款的效力与加班事实的认定
合同条款的合法性：
- 合同中关于加班需填写加班申请的条款，若不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，则该条款具有法律效力。
- 员工应遵守合同约定，按照规定的流程申请加班。
加班事实的认定：
- 若员工未按照合同约定填写加班申请，但能提供其他证据证明加班事实的存在（如工作记录、同事证言、电子邮件等），则加班事实仍有可能被认定。
- 然而，若员工无法提供任何证据证明加班事实，仅凭口头陈述，则可能难以获得法律支持。
二、员工应如何主张加班权益
收集证据：
- 员工应尽可能收集与加班相关的证据，包括但不限于工作记录、电子邮件、同事证言、考勤记录等。
- 这些证据应能证明加班的时间、地点、工作内容等关键信息。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，员工可以与公司进行协商，要求公司认可加班事实并支付相应的加班费。
- 协商过程中，员工应保持冷静和理性，避免情绪化行为。
申请劳动仲裁：
- 若协商无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求公司支付加班费。
- 在申请劳动仲裁时，员工应提交充分的证据证明加班事实的存在以及公司未支付加班费的事实。
三、公司可能提出的抗辩理由及应对
公司抗辩理由：
- 公司可能主张员工未按照合同约定填写加班申请，因此不认可加班事实。
- 公司还可能主张员工提供的证据不足以证明加班事实的存在。
员工应对策略：
- 针对公司的抗辩理由，员工应提供充分的证据进行反驳。
- 员工可以强调合同条款虽规定了加班申请流程，但并未完全排除其他证明加班事实的方式。
- 若公司提出的抗辩理由缺乏法律依据或事实依据，员工可以要求劳动仲裁机构不予采纳。
四、法律建议与风险提示
法律建议：
- 员工在签订劳动合同时，应仔细阅读合同条款，特别是关于加班的规定。
- 若合同中存在不合理的加班申请流程或加班费支付标准，员工可以与公司进行协商修改。
- 在工作过程中，员工应保留好与加班相关的证据，以备不时之需。
风险提示：
- 若员工未按照合同约定填写加班申请且无法提供其他证据证明加班事实的存在，则可能面临无法获得加班费的风险。
- 在申请劳动仲裁或提起诉讼时，员工应确保提供的证据真实、合法、有效，否则可能承担不利的法律后果。
总结与引导：面对合同中约定加班需填写加班申请而公司不认可的情况，员工应首先收集证据证明加班事实的存在，然后与公司进行协商或申请劳动仲裁。若您在此方面遇到法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议。