员工提出书面离职但单位未明确回复且员工在不知情下继续工作，这种情况下劳动关系仍然存在。

具体来说，虽然员工提交了辞职报告，但如果单位没有明确表示同意并发出正式的解除通知，且仍然安排员工工作，那么双方的劳动关系就并未解除。在这种情况下，员工继续工作，实际上是在履行其工作职责，因此劳动关系依然存续。

这一点在法律上也有明确的支持。例如，在某案例中，员工提交辞职申请后，单位未予回复且继续安排工作，后员工在工作过程中受伤。经劳动仲裁和法院审理，均确认员工与单位之间存在事实劳动关系，且劳动关系并未因员工提交辞职申请而自动解除。

因此，对于这种情况，建议单位在收到员工的辞职申请后，应及时明确表示是否同意，并办理相关的辞职手续。如果单位希望继续留用员工，也应与员工进行明确沟通，避免造成不必要的法律纠纷。同时，员工在提交辞职申请后，也应关注单位的回复和后续安排，以确保自己的权益得到妥善保障。