员工自己不来上班还去劳动仲裁被辞退，公司的做法通常是合法的。以下是对此情况的详细分析：

1. 员工旷工的事实：

   • 员工在未经请假或未获批准的情况下，擅自不来上班，构成了旷工。
   • 旷工是违反劳动纪律和用人单位规章制度的行为。

2. 公司的解除权：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》第二十五条第二款，劳动者严重违反劳动纪律或者用人单位规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。
   • 公司在员工旷工期间，多次通知员工到岗工作，但员工拒不到岗，公司有权依据上述法律规定解除劳动合同。

3. 劳动仲裁的影响：

   • 员工虽然提起了劳动仲裁，但仲裁事项中并未提及解除劳动关系，因此劳动关系在仲裁期间仍然存续。
   • 员工以提起仲裁为由拒绝到岗上班，不构成合理的抗辩理由。

4. 公司的合法应对：

   • 公司在解除劳动合同前，应确保已经有效送达了返岗通知，并告知了未返岗的法律后果。
   • 公司应收集员工旷工的相关证据，如考勤记录、工作交接记录等，以备在仲裁或诉讼中使用。

5. 法律后果：

   • 公司依法解除劳动合同后，无需支付违法解除劳动合同的赔偿金。
   • 如果员工认为公司解除劳动关系违法，可以向劳动争议仲裁委员会提出仲裁申请，但需提供充分的证据证明公司的解除行为违法。

综上所述，员工自己不来上班还去劳动仲裁被辞退，公司的做法在符合法律规定的情况下是合法的。如果员工对此有异议，可以通过法律途径维护自己的权益，但需提供充分的证据支持自己的主张。