结论前置：员工自动离职后被劳动仲裁，用人单位需积极应对，根据不同情况采取相应措施，避免承担不必要的法律责任。以下是具体分析及建议：

1. 核实仲裁请求内容，明确争议焦点

• 核心前提：劳动仲裁的请求可能涉及工资支付、经济补偿、赔偿金、社保缴纳等事项。用人单位需首先查看仲裁申请书，明确员工主张的具体诉求及事实理由。
• 操作建议：
  • 若员工主张未支付工资，需核对考勤记录、工资发放凭证，确认是否已足额支付；
  • 若员工主张违法解除赔偿金，需审查其离职是否符合《劳动合同法》规定的用人单位可解除情形（如严重违纪、试用期不符条件等）；
  • 若员工主张未签劳动合同双倍工资，需检查是否已签订书面合同及期限是否合法。

2. 针对“自动离职”的合法性审查

• 法律要点：根据《劳动合同法》第37条，员工提前30日（试用期3日）书面通知可解除合同；若未履行通知义务直接离职，可能构成违法解除，但用人单位需证明因此遭受了实际损失（如紧急招聘成本、项目延误损失等）。
• 应对策略：
  • 若员工未提前通知：用人单位可主张员工承担赔偿责任，但需提供损失证据（如招聘广告费用、临时用工支出等）；
  • 若员工已通知但未交接工作：可要求其返还公司财物、交接工作资料，并在仲裁中提出反请求。

3. 证据收集与举证责任分配

• 关键证据：
  • 劳动合同、入职登记表、考勤记录、工资发放凭证；
  • 员工离职申请（如有）、工作交接单、公司规章制度（需经民主程序公示）；
  • 损失计算依据（如财务凭证、第三方服务合同等）。
• 举证原则：根据《劳动争议调解仲裁法》第6条，用人单位需对“已支付工资”“合法解除”等事实承担举证责任；若无法提供证据，可能承担不利后果。

4. 可能的仲裁结果及应对

• 结果1：仲裁驳回员工请求
  若用人单位能证明已足额支付工资、员工离职符合规定或未造成损失，仲裁委可能驳回员工诉求。此时需关注员工是否提起诉讼，做好后续应诉准备。
• 结果2：仲裁支持员工部分请求
  若用人单位存在管理疏漏（如未签合同、未缴社保），可能被裁决支付双倍工资、补缴社保等。此时需评估是否接受裁决或向法院起诉。
• 结果3：仲裁认定员工违法解除
  若用人单位能证明员工未通知离职导致损失，可获赔相应金额。但实践中此类赔偿主张较难被全额支持，需合理预期。

5. 后续合规建议

• 完善制度：制定《员工离职管理办法》，明确离职流程、交接要求及违约责任；
• 规范流程：员工离职时要求填写《离职交接单》，留存书面记录；
• 定期自查：检查劳动合同签订、社保缴纳、工资支付等合规情况，降低法律风险。

总结：面对劳动仲裁，用人单位应第一时间分析诉求、收集证据、评估风险，必要时委托律师参与仲裁程序。若对具体操作有疑问，可直接向我咨询，我将结合案件细节提供针对性方案。