当公司被员工申请劳动仲裁时，可以采取以下全面而系统的应对策略来维护自身合法权益：

一、前置沟通与协商

1. 及时主动沟通：在收到仲裁申请前或后，公司应第一时间与员工进行沟通，了解其具体诉求和争议点。通过友好协商，尝试解决争议，避免仲裁程序的正式启动，从而节省时间和资源。例如，如果员工对工资有异议，公司可以核实工资发放记录，解释工资构成，看是否能达成一致。

2. 寻求第三方协助调解：若双方直接协商未果，公司可以请求当地劳动部门或专业调解机构介入，以更客观、公正的方式推动双方达成和解。调解机构通常具有丰富的调解经验和专业知识，能够帮助双方找到合理的解决方案。

二、正式应对仲裁程序

1. 详细了解仲裁详情：

   • 接收并认真阅读仲裁通知书及申请书副本，明确员工的仲裁请求、事实和理由。这是了解案件争议焦点的关键一步。
   • 注意答辩期限、举证期限等关键时间节点，确保按时提交相关材料，避免逾期影响权益。

2. 组建专业应对团队：

   • 由人力资源部门主导，法务人员提供法律支持，必要时外聘专业劳动法律师，共同研究并制定应对策略。专业团队能够更准确地把握案件走向，提供有效的法律建议。

3. 全面收集与整理证据：

   • 围绕仲裁请求，系统梳理劳动合同、规章制度、考勤记录、工资发放记录等相关证据。这些证据是支持公司立场的关键。
   • 对证据的真实性、合法性、有效性及关联性进行严格审查，准备合理的解释和说明以应对可能的争议。例如，如果员工主张加班费，公司需要提供加班记录、工资发放记录等证据来反驳或支持。

4. 制定并提交答辩策略：

   • 分析员工仲裁请求的合理性，对合理部分考虑协商，对不合理部分准备有力反驳。
   • 确定答辩要点，撰写逻辑清晰、事实准确、法律依据充分的答辩书，并在规定期限内提交给仲裁委。答辩书应针对员工的仲裁请求逐一回应，并提供相关证据支持。

5. 积极参与庭审过程：

   • 安排熟悉案件情况的人员准时参加庭审，遵守仲裁庭纪律。庭审是展示公司立场和证据的重要环节。
   • 在庭审中清晰表达企业立场，对员工主张进行合理质疑和反驳，确保自身权益得到充分维护。例如，如果员工主张违法解除劳动合同，公司可以提供解除劳动合同的合法依据和程序证据来反驳。

三、加强人事管理与法律风险防范

1. 完善人事管理制度：

   • 确保所有新员工均签订书面劳动合同，并明确双方权利义务。劳动合同是劳动关系的基础，也是解决劳动争议的重要依据。
   • 定期审查和更新人事管理制度，确保其符合相关法律法规要求。随着法律法规的不断更新，公司的人事管理制度也需要相应调整。

2. 强化员工培训与法律意识提升：

   • 定期对员工进行劳动法律法规培训，提高员工的法律意识，预防劳动争议的发生。员工了解法律法规后，能够更好地遵守公司规定，减少争议的发生。

3. 聘请专业法律顾问：

   • 与专业律师事务所建立长期合作关系，以便在需要时迅速获得法律支持和帮助。专业法律顾问能够为公司提供全面的法律服务，包括合同审查、法律咨询、诉讼代理等。

四、尊重并执行仲裁结果

1. 尊重裁决结果：无论仲裁结果如何，公司均应尊重并执行仲裁裁决，按照裁决内容履行相关义务。这是维护法律尊严和公司信誉的重要体现。

2. 法律救济途径：如公司对仲裁结果不服，可在法律规定的期限内向人民法院提起诉讼，寻求进一步的法律救济。诉讼是解决劳动争议的最终途径，公司可以通过诉讼来维护自己的合法权益。

示例说明：假设某公司因员工主张加班费而被申请劳动仲裁。公司可以首先与员工进行沟通，了解加班的具体情况和员工的诉求。然后，公司可以收集加班记录、工资发放记录等证据，证明已经支付了加班费或员工并未加班。在庭审中，公司可以清晰表达自己的立场，提供相关证据进行佐证，并对员工的主张进行合理质疑和反驳。如果仲裁结果对公司不利，公司可以在法定期限内向人民法院提起诉讼，寻求进一步的法律救济。

总结与建议：面对员工申请劳动仲裁，公司应秉持积极沟通、依法应对、加强防范、尊重裁决的原则。通过全面而系统的应对策略，公司可以维护自身的合法权益，同时促进劳动关系的和谐稳定发展。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。