是的，法院在审理时发现建工合同无效，通常会在判决书中明确写明。

在建设工程合同纠纷案件中，合同的效力是法院审理的重点之一。如果法院经过审理认为建工合同存在无效情形，如违反法律法规的强制性规定、违背公序良俗、双方意思表示不真实等，那么法院会在判决书中明确作出合同无效的认定。这一认定是法院对案件事实进行法律评价的结果，也是后续处理合同双方权利义务关系的重要依据。

判决书是法院对案件进行审理后作出的具有法律效力的文书，其中会详细载明案件的事实、证据、法律依据以及判决结果等内容。因此，如果建工合同被认定为无效，这一重要事实必然会在判决书中得到体现。

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