结论前置：在建设工程施工合同无效的情况下，工程款的判决需依据《中华人民共和国民法典》及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，结合合同履行情况、工程质量及双方过错等因素进行综合裁决。以下是对此问题的详细分析：
一、合同无效但工程合格的情况
法律依据：
- 根据《民法典》第七百九十三条第一款，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。
处理原则：
- 折价补偿：法院会参照合同约定的计价标准，对承包人进行折价补偿。这体现了对承包人实际投入和劳动成果的尊重，同时也维护了建筑市场的秩序。
- 扣除不合格部分费用：若工程存在质量问题需修复，相关费用将从应付款项中扣减，确保工程质量符合标准。
实际操作：
- 在诉讼过程中，承包人需提供证据证明工程已验收合格，并参照合同约定提出工程款请求。
- 发包人则可能提出工程质量问题或合同无效的其他抗辩理由，法院将综合双方证据进行裁决。
二、合同无效且工程不合格的情况
法律依据：
- 根据《民法典》第七百九十三条第二款，建设工程施工合同无效，且建设工程经验收不合格的，按照以下情形处理：
- 修复后的建设工程经验收合格的，发包人可以请求承包人承担修复费用；
- 修复后的建设工程经验收不合格的，承包人无权请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
处理原则：
- 修复与赔偿：若工程不合格，承包人需承担修复责任。修复后经验收合格的，发包人可请求承包人承担修复费用；若修复后仍不合格，承包人则无权请求工程款。
- 过错责任：发包人对因建设工程不合格造成的损失有过错的，应当承担相应的责任。这体现了过错责任原则在工程款判决中的应用。
实际操作：
- 在诉讼过程中，发包人需提供证据证明工程不合格及修复费用情况。
- 承包人则可能提出工程质量问题非其责任或合同无效的其他抗辩理由，法院将综合双方证据进行裁决。
三、多份无效合同的情况
法律依据：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十四条，当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人的，人民法院应予支持。实际履行的合同难以确定，当事人请求参照最后签订的合同结算建设工程价款的，人民法院应予支持。
处理原则：
- 参照实际履行合同：在存在多份无效合同的情况下，法院会倾向于参照实际履行的合同进行结算。这体现了对实际履行情况的尊重和对建筑市场秩序的维护。
- 参照最后签订合同：若实际履行的合同难以确定，法院则可能参照最后签订的合同进行结算。这提供了在合同履行情况不明时的裁决依据。
实际操作：
- 在诉讼过程中，当事人需提供证据证明实际履行的合同或最后签订的合同情况。
- 法院将综合双方证据及案件具体情况进行裁决。
四、其他考虑因素
地方性法规与行业规范：
- 地方性法规、行业规范及相关政策文件也可能对工程款认定提供指导或补充规定。特别是针对特定类型的建设工程，如住宅、商业建筑等，可能有更具体的规定。
实际施工人的权益保护：
- 若实际施工人以转包人或违法分包人为被告起诉，法院可追加发包人为第三人，并在查明发包人欠付工程款范围内支持实际施工人的主张。这体现了对实际施工人权益的保护。
优先受偿权的限制：
- 合同无效不影响承包人就合格工程主张优先受偿权，但该权利需在法定期限内行使。这提供了对承包人权益的进一步保障。
五、实际操作建议
签订合法有效的合同：
- 在签订建设工程施工合同时，应尽可能确保合同条款的合法有效性，避免后续纠纷。这包括确保承包人具备相应资质、遵守招标与中标程序、不非法转包或违法分包等。
积极协商处理纠纷：
- 合同无效时，双方应积极协商处理工程款问题，必要时寻求法律途径解决。通过协商，可以更快地解决纠纷，减少诉讼成本和时间。
充分举证证明主张：
- 在诉讼过程中，当事人应充分举证证明自身主张，包括过错程度、损失大小及因果关系等关键要素。这有助于法院更准确地裁决工程款问题。
综上所述，建设工程施工合同无效时工程款的判决是一个复杂而细致的过程，需要综合考虑多种因素并严格遵循相关法律法规及司法解释的规定。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。