当建设工程施工合同被认定为无效时，工程款的结算确实是一个需要细致考虑的问题。以下是我为您详细梳理的关于合同无效时工程款如何结算的解答：
一、基本原则
根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，即使建设工程施工合同无效，但如果建设工程已经竣工并且验收合格，承包人仍然有权请求参照合同约定来支付工程价款。这一原则旨在保障承包人在实际投入和建设成果上的合法权益。
二、具体处理方式
验收合格的情形：
- 承包人可以明确请求参照合同约定来支付工程价款。这意味着，只要工程质量达标并通过了验收，发包方就需要按照合同中约定的支付方式和价款数额来履行支付义务。
- 如果双方对工程款数额存在争议，建议首先通过协商或调解来解决。若协商和调解无果，可以考虑通过仲裁或诉讼等法律途径来寻求公正裁决。在诉讼过程中，法院可能会委托专业的鉴定机构对工程质量和造价进行鉴定，以确保工程款的合理确定。
验收不合格的情形：
- 如果工程在验收时不合格，但经过修复后合格，发包人可以要求承包人承担修复费用，并从工程款中扣除相应部分。之后，发包人仍需参照合同约定支付剩余的工程价款。
- 如果工程即使经过修复仍然不合格，那么承包人将无权请求参照合同关于工程价款的约定来获得折价补偿。在这种情况下，承包人可能还需要承担因施工质量问题给发包人造成的损失。
特殊情形的处理：
- 在某些复杂情况下，如当事人就同一建设工程订立的数份合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人可以请求参照实际履行的合同或最后签订的合同中关于工程价款的约定来折价补偿对方。
- 对于因转包、违法分包等导致合同无效的情况，实际施工人有权以转包人、违法分包人为被告来起诉要求支付工程款。如果发包人在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任，那么实际施工人也可以将发包人列为共同被告或第三人。
三、注意事项
- 证据收集与保存：在处理合同无效且涉及工程款结算的纠纷时，证据的收集和保存至关重要。承包人应妥善保管与工程施工相关的所有文件、记录、照片等证据材料，以便在需要时能够充分证明自己的权益。
- 及时主张权利：一旦发现合同可能无效或存在纠纷隐患，承包人应及时采取措施来主张自己的权利。这包括与发包方进行积极沟通协商、寻求专业法律意见以及必要时提起诉讼或仲裁等。
- 遵循法定程序：在处理此类纠纷时，必须严格遵循法定的程序和规定。例如，在提起诉讼前应先尝试通过协商、调解等非诉讼方式来解决纠纷；在诉讼过程中应遵守法院的审理规则和程序要求等。
综上所述，当建设工程施工合同无效时，工程款的结算需要综合考虑工程质量、合同约定及实际情况等多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径来妥善解决争议，并确保工程款的合理支付。