当工程分包合同被认定为无效时，关于工程款的结算问题，我们需要依据工程质量的具体情况，并结合相关法律法规来进行详细分析和处理。以下是对这一问题的清晰、详细且深入的解答：
一、工程质量经检验合格的情况
结算原则：
- 即便分包合同无效，只要工程质量经过检验合格，承包人或实际施工人仍有权要求参照原合同约定的工程价款进行结算，或者按照工程当时当地的定额来计算折价补偿。
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条第一款，以及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，建设工程施工合同无效，但建设工程经验收合格的，承包人可以请求参照合同约定支付工程价款。
实际操作：
- 在实际操作中，如果双方能够就折价补偿达成一致，那么可以按照协商的结果进行结算。
- 如果双方无法达成一致，可以申请法院进行裁判，或者委托专业机构进行工程造价鉴定，以确定合理的工程价款。
二、工程质量不合格但可维修修复的情况
结算原则：
- 如果工程质量不合格，但可以通过修复达到合格标准，那么承包人在承担修复费用后，仍有权要求参照原合同约定支付工程价款，但需要扣除修复费用。
法律依据：
- 依据上述司法解释的相关规定，修复后的建设工程经竣工验收合格，发包人可以请求承包人承担修复费用，承包人在承担修复费用后，可以请求参照合同约定支付工程价款。
实际操作：
- 承包人需要按照要求进行修复，并确保修复后的工程能够通过验收。
- 在结算时，需要从原合同约定的工程价款中扣除修复费用，以得到最终的结算金额。
三、工程质量完全不合格且不能修复的情况
结算原则：
- 如果工程质量完全不合格，且无法通过修复达到合格标准，那么承包人无权要求支付工程价款。此时，发包人无需支付任何款项给承包人。
法律依据：
- 同样依据上述司法解释的相关规定，修复后的建设工程经竣工验收不合格，承包人请求支付工程价款的，不予支持。
特殊情况：
- 如果发包人对工程不合格存在过错，比如指示错误或者提供了不合格的材料等，那么发包人需要对其自身过错造成的损失负责，可能需承担部分赔偿责任。
四、关于实际施工人的特殊规定
权益保护：
- 实际施工人在分包合同无效的情况下，其权益受到特殊保护。如果实际施工人以转包人、违法分包人为被告起诉，人民法院应依法受理。
- 如果实际施工人以发包人为被告主张权利，法院应追加转包人或违法分包人为第三人，并在查明发包人欠付工程款数额后，判决发包人在欠付范围内对实际施工人承担责任。
实际操作建议：
- 实际施工人在遇到分包合同无效的情况时，应积极收集证据，证明自己的实际施工情况和应得工程款。
- 可以寻求法律专业人士的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。
五、其他注意事项
合同无效但履行主要义务：
- 即使分包工程未签订合同，但如果有证据证明双方约定了建设工程，并且工程已经竣工验收合格，那么发包人仍应支付工程价款。
协商处理与法律援助：
- 在处理分包合同无效导致的工程款结算问题时，建议双方首先尝试协商处理，以达成和解协议。
- 如果协商不成，可以寻求法律专业人士的帮助，通过法律途径来解决纠纷，确保自身权益得到合理维护。
综上所述，工程分包合同无效时的工程款结算问题需要综合考虑工程质量、合同约定以及相关法律法规等多方面因素。在处理此类纠纷时，应遵循公平、等价有偿的原则，确保双方利益得到合理平衡。