针对您提出的“违法分包合同无效，已办理结算，工程款怎么算”的问题，以下是根据相关法律法规和司法实践给出的详细解答：
一、法律依据
《中华人民共和国民法典》第七百九十三条第一款：
- 明确规定，即使建设工程施工合同无效，只要建设工程经验收合格，承包人或实际施工人仍有权要求参照合同关于工程价款的约定进行折价补偿。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》：
- 该解释进一步细化了合同无效时的处理原则，包括损失赔偿的举证责任、损失大小的确定方式，以及合同无效但质量合格时的折价补偿原则等。
二、具体处理方法
工程验收合格的情况：
- 既然工程已经验收合格，那么承包人或实际施工人有权要求参照原合同约定的工程价款进行折价补偿。
- 如果双方无法就折价补偿达成一致，可以申请法院进行裁判，或者委托专业机构进行工程造价鉴定，以确定合理的折价补偿金额。
已办理结算的影响：
- 虽然合同无效，但如果双方已经办理了结算，并且结算金额得到了双方的认可，那么这份结算文件在某种程度上可以作为折价补偿的依据。
- 然而，如果结算过程中存在欺诈、胁迫等违法行为，或者结算金额显失公平，那么受损害方有权请求法院对结算结果进行调整。
实际施工人的权益保护：
- 作为实际施工人，您有权直接向发包人主张权利，要求其支付欠付的工程款。
- 在此过程中，法院会追加转包人或违法分包人为第三人，以确保查清事实并公正裁决。
- 如果发包人欠付转包人或违法分包人的工程款足以支付您的请求，那么发包人应在欠付范围内承担责任。
三、注意事项
- 在处理此类问题时，务必保留好所有与工程相关的证据材料，如合同、结算文件、施工记录等，以便在必要时进行举证。
- 如果遇到复杂的法律问题或纠纷，建议及时咨询专业律师或法律机构，以获取更具体的法律建议和支持。
综上所述，违法分包合同无效后的工程款结算问题应严格遵循相关法律法规的规定进行处理。在处理过程中，既要注重保护实际施工人的合法权益，也要确保工程质量的验收与价款的合理支付。通过法律手段平衡各方利益，维护建筑市场的公平与正义。