针对您提出的“违法转包合同无效后如何计算工程款”的问题，这是一个涉及法律、合同以及工程实践多个方面的复杂问题。下面，我将结合相关法律法规和司法实践，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，违法转包合同是无效的，这主要基于法律的强制性规定，旨在维护建筑市场的秩序和公平竞争。当转包合同被认定为无效后，工程款的结算就需要依据相关法律法规和司法解释来进行。
一、发包人与承包人之间的工程款结算
参照合同约定支付（但需考虑违法性）：
- 原则上，无效的转包合同不应影响发包人与承包人之间原建设工程合同的效力。但考虑到承包人非法转包工程违反了法律的强制性规定，且其未实际履约，因此，直接按原合同约定计算工程价款可能缺乏事实和法律依据。
- 实践中，裁判机构可能会根据案件具体情况，如承包人的实际支出成本，来判定发包人应支付的款项，同时收缴合同约定的管理费和利润等非法利益。
据实结算：
- 在无法参照原合同约定或合同约定混乱不清的情况下，可以根据实际完成的工程量，按照当地建设行政主管部门发布的计价方法或计价标准来结算工程款。
二、承包人与转承包人之间的工程款结算
合同相对性原则：
- 转承包人作为工程的实际施工人，与承包人均是转包合同的签订主体。根据合同相对性原则，转承包人可以直接向承包人追讨工程款。
参照无效合同约定主张工程价款：
- 由于转包合同无效，双方应各自返还财产。但考虑到建设工程的特殊性，若严格适用返还财产的规定，将使工程丧失效用价值并扩大经济损失。
- 因此，参照相关司法解释，建设工程经竣工验收合格的，转承包人可以参照无效的转包合同的约定主张工程价款。
三、发包人与转承包人之间的工程款结算
发包人责任范围：
- 转承包人由于与发包人没有合同关系，在承包人拖欠其工程款时，无法直接向发包人主张权利。
- 但根据司法解释，实际施工人（转承包人）以发包人为被告主张权利的，人民法院可以追加转包人为本案当事人，发包人只在欠付工程价款范围内对实际施工人承担责任。
发包人并非直接支付义务人：
- 发包人和实际施工人并不存在直接的合同关系，且发包人的发包过程若无过错，要求其对承包人的违法行为“买单”不公平。
- 若存在发包人与承包人恶意串通以阻却转承包人追讨欠付工程款的情况，转承包人确有证据证明的，可行使其撤销权。
四、其他考虑因素
工程质量合格：
- 只有建设工程质量合格，承包人才有权请求参照合同约定支付工程价款。若质量不合格，承包人需承担修复费用；修复后仍不合格的，无权要求支付工程款。
过错方承担责任：
- 对于合同无效双方都有过错的，应根据双方过错大小分担损失。在结算工程款时，需考量因合同无效导致的额外支出费用等。
综上所述，违法转包合同无效后，工程款的结算需要综合考虑多个方面，包括合同约定、实际完成工程量、工程质量以及双方过错等。在实际操作中，建议咨询专业律师或相关机构，以确保工程款的结算合法、合理且公平。