当建设工程施工合同被认定为无效时，工程款的结算确实是一个复杂且关键的问题，它涉及到工程质量、合同约定、实际情况以及法律法规等多方面的考量。以下是对这一问题的详细解答：
一、基本原则
质量优先：无论合同是否有效，工程质量始终是结算工程款的首要因素。只有工程经竣工验收合格，承包人才有权请求支付工程价款。
折价补偿：若合同无效但工程验收合格，承包人可参照合同约定获得与其实际投入和劳动成果相匹配的报酬，这体现了对承包人劳动的尊重。
过错责任：若因一方过错导致合同无效，过错方应赔偿对方因此遭受的损失，这有助于维护市场的公平和诚信原则。
二、具体处理方式
验收合格的工程：
- 承包人可以请求参照合同约定支付工程价款。这里的“参照合同约定”并非完全照搬，而是结合工程实际情况和合同约定，合理确定工程价款。
- 若双方对工程价款存在争议，可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在诉讼过程中，法院会依据相关证据和法律规定进行公正裁决。
验收不合格的工程：
- 若修复后验收合格，发包人可请求承包人承担修复费用，并参照合同约定支付工程价款。
- 若修复后仍不合格，承包人无权请求支付工程价款，并可能需赔偿发包人因此遭受的损失。
三、特殊情况处理
转包、违法分包与挂靠情形：
- 在这些关系中，实际施工人虽不具备直接主张工程款的合同依据，但基于保护农民工权益等考量，可突破合同相对性向发包人主张权利。
- 责任分担比例需结合各方过错程度、实际施工贡献等因素综合判定。
未完工工程的结算：
- 对于未完工程，可通过司法鉴定评估已完成部分的价值，或参照定额标准、市场价格信息计算已完工程量对应的价款。
- 需注意扣除未完成部分的预期利润，仅补偿实际发生的成本支出。
四、法律依据与操作建议
- 法律依据：主要依据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条以及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》等相关规定。
- 操作建议：
- 双方应首先确保工程质量符合标准，以作为结算依据。
- 尽量通过协商和调解解决争议，避免法律纠纷。
- 保留好相关文件和资料作为证据，无论是协商还是诉讼都至关重要。
- 熟悉相关法律法规和政策规定，以更好地维护自身权益并规避法律风险。
- 若无法达成一致意见，可通过法律途径解决争议，如向人民法院提起诉讼。
综上所述，建设工程施工合同无效时的工程款结算问题需综合考虑多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径解决争议，并确保工程款的合理支付。