当建设工程挂靠协议被认定为无效时，工程款的计算及后续处理确实是一个复杂且关键的问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、立即停止合同履行
一旦挂靠协议被确认无效，首要任务是立即停止合同的进一步履行。因为无效的合同自始不具有法律效力，继续履行不仅缺乏法律依据，还可能引发更多的法律风险和损失。
二、工程价款的结算原则
参照合同约定支付：
- 如果建设工程已经验收合格，尽管挂靠协议无效，但根据相关法律法规（如《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》），承包人仍有权要求参照合同中关于工程价款的约定进行折价补偿。这意味着，在大多数情况下，工程款会按照原合同约定的金额进行支付，但会以“折价补偿”的形式出现。
修复后验收合格的处理：
- 如果工程初验不合格，但经过修复后达到了验收标准，那么承包人需要承担修复费用。之后，承包人可以参照合同约定请求支付工程价款，但同样是以折价补偿的形式。
修复后仍不合格的处理：
- 如果工程经过修复后仍然不合格，那么承包人将无权请求折价补偿。同时，如果发包人对工程不合格也有过错（如提供了错误的图纸或材料等），那么发包人也应承担相应的责任。
三、损失赔偿的考虑
- 合同无效后，双方还需要根据各自的过错程度承担相应的损失赔偿责任。这包括直接损失（如材料费、工人工资等）和间接损失（如预期利益等）。法院在判决时会综合考虑双方的过错程度、损失的实际情况以及因果关系等因素来确定具体的赔偿数额。
四、非法所得的收缴与行政责任
- 因挂靠协议无效所产生的非法所得（如管理费、不当利益等），人民法院有权依法收缴。
- 同时，挂靠方和被挂靠方还可能面临行政处罚，包括责令改正、没收违法所得、罚款、停业整顿、降低资质等级乃至吊销资质证书等。
五、协商与争议解决
- 对于已经履行的部分，双方应尽快通过协商解决工程量结算、款项处理等问题。协商时应充分考虑双方的权益，力求公平合理。
- 如果协商无果或存在争议，双方可以寻求法律援助、申请调解、仲裁或提起诉讼来解决问题。在此过程中，建议咨询专业律师以更好地维护自身权益。
六、后续风险防范
- 为了避免类似情况再次发生，双方应加强对合同合法性的审查和管理，建立完善的合同审核制度。
- 同时，加强员工培训，提高法律意识，确保在未来的业务活动中能够遵守相关法律法规，避免法律风险。
综上所述，当建设工程挂靠协议被认定为无效时，工程款的计算主要参照原合同约定进行折价补偿，但还需考虑修复费用、损失赔偿以及非法所得的收缴等因素。双方应通过协商或法律途径解决争议，并加强后续的风险防范工作。