当建设工程合同被认定为无效时，农民工工程款的结算问题是一个核心关注点。以下是根据相关法律法规和司法解释，为您详细解析如何结算农民工工程款：

一、合同无效但工程验收合格

1. 折价补偿原则：

   • 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，即使建设工程合同无效，但如果建设工程经验收合格，承包人（包括农民工在内的实际施工人）仍有权请求参照合同约定折价补偿。
   • 这意味着，尽管合同无效，但只要工程质量达标，农民工的工程款仍应按照合同约定的价款或计价方式进行结算。

2. 责任承担：

   • 发包人应承担支付工程款的主要责任。
   • 如果存在违法分包、转包或挂靠等情况，相关责任方也需承担连带支付责任。

二、合同无效且工程验收不合格

1. 修复与责任：

   • 如果工程验收不合格，但经过修复后达到合格标准，发包人可以要求承包人承担修复费用。
   • 修复后仍不合格的，承包人（包括农民工）无权请求参照合同约定折价补偿。

2. 损失责任：

   • 对于因工程质量不合格造成的损失，如果发包人有过错（如提供的设计有缺陷、指定购买的建筑材料不符合标准等），发包人应承担相应责任。

三、法律途径与诉讼

1. 实际施工人的权利：

   • 实际施工人（包括农民工）有权以转包人、违法分包人为被告提起诉讼，要求支付工程款。
   • 当实际施工人以发包人为被告主张权利时，法院应追加转包人或违法分包人为第三人，并在查明发包人欠付的工程款数额后，判决发包人在欠付范围内对实际施工人承担责任。

2. 利息与费用：

   • 对于欠付的工程款，如果合同中有约定利息计付标准，应按照约定处理；没有约定的，则按照同期同类贷款利率或同期贷款市场报价利率计息。
   • 农民工在追讨工程款过程中产生的合理费用（如诉讼费、律师费等），在符合法律规定的情况下，也应由责任方承担。

四、建议与注意事项

1. 确保工程质量：承包人应严格把控工程质量，避免因质量问题导致无法获得工程款补偿。
2. 及时通过法律途径维权：农民工在遇到工程款拖欠问题时，应及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的合法权益。
3. 保留证据：在施工过程中，农民工应妥善保留相关证据（如合同、结算单、欠条等），以便在诉讼中提供有力支持。

综上所述，即使建设工程合同无效，农民工仍有权根据工程质量情况和相关法律规定要求支付工程款。在维权过程中，建议农民工积极寻求法律帮助，确保自己的合法权益得到有效保障。