结论：挂靠协议无效时，协议中约定的结算工程款条款是否独立有效，需根据具体情况判断，若该条款具有独立性且不违反法律强制性规定，可能被认定为有效；反之，则可能无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同无效的一般原则
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，如果挂靠协议因违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗等原因被认定为无效，那么该协议中的所有条款，原则上都不应具有法律效力。然而，这一原则并非绝对，因为合同中的某些条款可能具有独立性，不因合同整体无效而无效。
二、结算工程款条款的独立性分析
条款独立性判断：
- 结算工程款条款是挂靠协议中的核心条款之一，它涉及到双方的经济利益分配。在判断该条款是否独立有效时，需考虑其是否与挂靠协议的其他部分具有可分性，以及该条款本身是否违反法律强制性规定。
- 如果结算工程款条款仅涉及双方对工程款的结算方式和标准，且这些方式和标准不违反法律强制性规定，同时该条款与挂靠协议的其他部分（如挂靠关系、管理费等）具有可分性，那么该条款可能被认定为独立有效。
法律强制性规定的影响：
- 如果结算工程款条款中涉及的内容违反了法律强制性规定，如通过非法手段获取工程款、逃避税收等，那么该条款将因违法而无效。
- 此外，如果挂靠行为本身因违反建筑法等相关法律法规而被认定为无效，那么与挂靠行为紧密相关的结算工程款条款也可能受到牵连而无效。
三、司法实践中的考量因素
在司法实践中，法院在判断挂靠协议无效时结算工程款条款是否独立有效时，会综合考虑以下因素：
- 条款内容是否合法：法院会审查结算工程款条款的内容是否违反法律强制性规定或公序良俗。
- 条款与合同其他部分的关系：法院会分析结算工程款条款与挂靠协议其他部分的可分性，以及该条款在合同中的地位和作用。
- 双方当事人的过错程度：法院会考虑双方当事人在挂靠协议签订和履行过程中的过错程度，以及这些过错对结算工程款条款效力的影响。
四、法律建议
对于挂靠方和被挂靠方：
- 在签订挂靠协议时，应确保协议内容合法合规，避免涉及违法违规的条款。
- 如果挂靠协议被认定为无效，双方应积极协商解决结算工程款问题，避免产生不必要的法律纠纷。
- 在协商无果的情况下，可以寻求法律途径解决争议，但应做好充分的法律准备和证据收集工作。
对于法院和仲裁机构：
- 在审理涉及挂靠协议无效的案件时，应仔细审查结算工程款条款的内容及其与合同其他部分的关系。
- 应根据具体情况判断结算工程款条款是否独立有效，并依法作出公正合理的裁决。
如果您在挂靠协议或结算工程款方面遇到任何法律问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。