结论：挂靠协议无效时，协议中约定的转付条款是否有效，需根据具体情况判断，若转付条款本身不违反法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗，则可能被认定为有效；反之，则无效。以下从不同角度进行详细分析：
一、挂靠协议无效的法律基础
挂靠协议在大多数情况下是无效的，这主要基于以下两点法律基础：
违反法律强制性规定：在建筑等行业，挂靠行为明确被法律禁止。如《建筑法》规定，建筑施工企业不得以任何形式允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程。此类挂靠行为扰乱市场秩序，易引发工程质量问题，损害公共利益和第三方利益。根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。
不具备主体资格与真实意思表示：挂靠协议中，实际主体往往不具备订立合同的资格，且与挂靠方订立合同并非真实意思表示。根据《民法典》第一百四十三条，有效的民事法律行为需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律、行政法规的强制性规定以及不违背公序良俗等条件。挂靠协议因不满足这些条件而被视为无效合同。
二、转付条款有效性的判断标准
尽管挂靠协议整体无效，但其中的转付条款是否有效，需根据以下标准进行判断：
不违反法律、行政法规的强制性规定：转付条款若涉及的是合法的资金流转或费用支付，且不违反法律、行政法规的强制性规定，如税收法规、金融法规等，则该条款可能被视为有效。
不违背公序良俗：公序良俗是民事法律行为有效的重要条件之一。若转付条款的内容或目的违背社会公德、家庭伦理或损害社会公共利益，则该条款无效。
独立性原则：在合同部分无效的情况下，若转付条款具有独立性，即其效力不受挂靠协议整体无效的影响，且符合上述有效条件，则该条款可能被视为有效。
三、具体案例分析
假设在一个挂靠协议中，约定了被挂靠方在收到工程款后，需按照一定比例转付给挂靠方。若该挂靠协议因违反法律强制性规定而被认定无效，但转付条款本身并不涉及违法违规行为，且是双方真实意思表示，不违背公序良俗，那么该转付条款可能被视为有效。因为转付行为本身并不直接违反法律禁止性规定，且是双方对资金流转的约定。
四、法律建议
审查合同条款：在签订挂靠协议时，应仔细审查合同条款，确保所有条款均符合法律、行政法规的强制性规定，且不违背公序良俗。
咨询专业律师：对于复杂的挂靠协议或涉及大额资金流转的转付条款，建议咨询专业律师，以确保合同的合法性和有效性。
避免挂靠行为：企业和个人应严格遵守相关法律法规，选择合法的合作方式，避免挂靠等违法行为，以免承担不必要的法律风险和经济损失。
最后，若你对挂靠协议或转付条款的具体法律效力有进一步疑问，或需要针对具体案情进行法律分析，可以直接向我咨询。