结论前置：合同因挂靠无效时，仲裁条款的效力需依据具体情况判断。一般而言，仲裁条款具有独立性，合同无效不影响其效力；但在某些特殊情况下，如仲裁条款本身存在法定无效情形或合同因违反法律强制性规定或公序良俗导致整体无效时，仲裁条款也可能被视为无效。
一、仲裁条款的独立性原则
根据《中华人民共和国仲裁法》第十九条第一款的规定，仲裁协议独立存在，合同的变更、解除、终止或者无效，不影响仲裁协议的效力。这意味着，即使合同因挂靠等行为被认定无效，双方当事人选择通过仲裁解决纠纷的合意依然有效。例如，在建筑工程领域，若实际施工人挂靠有资质的企业签订建设工程施工合同，后该合同因挂靠行为被认定无效，但合同中的仲裁条款并不因此失效，双方仍可按约定将争议提交仲裁解决。
二、特殊情况下的仲裁条款效力
合同整体无效导致的仲裁条款无效：
- 如果合同因挂靠行为违反了法律的强制性规定或者公序良俗等导致整体无效，那么其中的仲裁条款通常也会被视为无效。因为这种情况下，整个合同的内容都是不被法律所认可的，包括其中的争议解决方式。例如，若挂靠合同涉及非法活动或严重损害公共利益，那么仲裁条款也可能因合同整体无效而无效。
仲裁条款本身的无效情形：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》第十七条，仲裁条款在以下情形下无效：
- 约定的仲裁事项超出法律规定的仲裁范围，如婚姻、收养、监护、扶养、继承纠纷等不属于仲裁受案范围的事项。
- 无民事行为能力人或限制民事行为能力人订立的仲裁协议，因其不具备完全的民事行为能力。
- 一方采取胁迫手段迫使对方订立仲裁协议，受胁迫方并非出于真实意愿。
- 若挂靠合同中的仲裁条款存在上述情形之一，那么该仲裁条款无效。
部分无效合同中的仲裁条款效力：
- 如果合同的无效仅仅是因为部分条款的违法或不当而导致的部分无效，而仲裁条款本身没有违反法律规定，也没有损害社会公共利益或他人合法权益，且当事人未对仲裁条款的效力提出异议，那么仲裁条款仍然有效。即使主合同因挂靠行为无效或被撤销，也不影响仲裁协议的效力。
三、实际应用与指导意义
在实际应用中，判断仲裁条款的效力需综合考虑合同无效的具体原因、仲裁条款的内容以及相关法律法规的规定。对于涉及挂靠合同的当事人而言，了解仲裁条款的独立性和可能的无效情形至关重要。这有助于当事人在合同签订时更加谨慎地设计争议解决机制，并在合同发生争议时能够准确地判断仲裁条款的效力，从而选择合适的争议解决方式。
四、举例说明
- 案例一：甲公司挂靠乙公司签订了一份建设工程施工合同，并约定了仲裁条款。后因挂靠行为违反了《中华人民共和国建筑法》的相关规定，该合同被认定无效。但仲裁条款本身独立且合法，未受合同无效影响，且双方仍有通过仲裁解决争议的意愿。那么，甲乙双方之间的仲裁协议仍然有效，可以依据该协议向约定的仲裁机构申请仲裁。
- 案例二：若上述合同中，仲裁条款因涉及非法内容（如约定将争议提交至非法仲裁机构解决）或与合同无效的根本原因紧密相关（如挂靠行为本身即为仲裁条款约定的争议事项）而被视为无效，或者双方明确表示不愿再通过仲裁方式解决争议，则此时仲裁协议无效，双方需通过诉讼等其他方式解决争议。
总结与建议：合同因挂靠无效时，仲裁条款的效力需根据具体情况判断。在签订合同时，当事人应严格遵守相关法律法规，避免通过挂靠等方式规避资质要求，以免引发不必要的法律纠纷和风险。若合同发生争议且涉及仲裁条款的效力问题，建议直接向我咨询，以便获取更准确的法律意见和帮助。