挂靠方与被挂靠方协议约定的工程款利息，其有效性需根据具体情况来判断。
若协议合法有效且利息约定未超标：
- 在挂靠关系中，挂靠方与被挂靠方之间可能会签订协议，约定工程款支付、利息等相关事项。
- 若该协议内容真实、合法，不违反法律法规的强制性规定，且双方约定的利息未超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，那么该利息约定通常是有效的。
- 在这种情况下，如挂靠方未按约定支付工程款，被挂靠方有权要求挂靠方按照协议约定支付利息。
若协议存在无效情形或利息约定超标：
- 若挂靠方与被挂靠方之间的协议存在违反法律法规强制性规定、违背公序良俗等无效情形，那么整个协议可能无效，包括其中的利息约定。
- 另外，即使协议其他部分有效，但若双方约定的利息超过了合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍，那么超出部分的利息约定也是无效的。
- 在这两种情况下，被挂靠方可能无法按照协议约定要求挂靠方支付利息。
考虑挂靠关系的特殊性：
- 挂靠本身属于违法行为，被挂靠人面临被行政处罚的风险。因此，在挂靠关系中，双方应更加谨慎地处理工程款支付、利息等敏感问题。
- 如发生纠纷，法院可能会根据具体情况对协议的效力及利息约定的有效性进行审查，并作出相应判决。
综上所述，挂靠方与被挂靠方协议约定的工程款利息是否有效，需根据协议的具体内容、法律法规的规定以及双方的实际行为来综合判断。如有具体纠纷或疑问，建议直接向我咨询，我将结合实际情况为你提供专业的法律意见。