工程合同无效时，结算条款的效力需根据具体情况分析，一般而言，工程价款结算条款在工程质量合格的情况下仍有效，但涉及违约金、赔偿金等第二性义务的清理条款通常无效，独立的结算协议或清理协议一般有效。以下从不同角度详细分析：
一、工程价款结算条款的效力
一般原则：
- 在合同无效的情况下，原则上合同中的相关条款均归于无效。但考虑到建设工程的特殊性质，即使合同无效，若建设工程经验收合格，承包人仍有权请求参照合同关于工程价款的约定进行折价补偿。这是基于建设工程的劳务成果无法“返还原物、恢复原状”，必须对已完成的工程量进行结算的实际需要。
计价方式条款：
- 合同约定的固定总价、固定单价或可调价格等方式计算工程价款的条款，在工程质量合格的情况下，仍可参照执行。这一做法符合最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，体现了法律对实际履行情况的尊重和保护。
工程价款支付时间和支付方式条款：
- 这些条款明确了发包人支付工程折价补偿款的具体要求和流程，在工程质量合格的情况下，对双方结算具有参考意义。它们有助于确保承包人能够及时获得应得的工程款项，维护其合法权益。
二、清理条款的效力
涉及工程价款支付、结算的清理条款：
- 如前所述，这类条款在工程质量合格的情况下，可以参照合同约定进行处理。它们与工程价款结算条款紧密相关，共同构成了合同无效后双方权利义务关系的重要组成部分。
涉及违约金、赔偿金等其他事项的清理条款：
- 这些条款并非合同的主要义务，而是基于合同有效的基础上产生的第二性义务。因此，在建设工程施工合同无效的情况下，这些条款通常应认定为无效。这是因为违约金、赔偿金等条款的目的是为了惩罚违约行为或补偿损失，而合同无效意味着双方不存在有效的合同关系，因此这些条款也失去了存在的基础。
三、质量保修条款的效力
- 质量保修条款规定了承包人对工程质量的保修责任。即便施工合同无效，承包人仍需按照相关法律法规和行业标准对建设工程在合理使用寿命内的工程质量负责。这一条款的有效有助于保障建设工程的后续质量和使用安全，相关费用也应在结算时合理考虑。例如，如果工程在保修期内出现质量问题，承包人应负责修复并承担相应费用。
四、独立结算协议与清理协议的效力
- 如果当事人就建设工程施工合同的结算和清理事宜另行签订了独立的结算协议或清理协议，那么这些协议的效力将不受主合同（即建设工程施工合同）无效的影响。只要这些协议系当事人真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就应认定为有效。这是因为独立协议具有相对独立性，其效力不依赖于主合同的有效性。
五、法律依据与司法实践
- 法律依据：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同不生效、无效、被撤销或终止时，通常不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。但需注意，结算条款是否属于“解决争议方法的条款”需具体判断。此外，最高人民法院在相关司法解释中也明确，合同无效后，关于价款结算、违约责任等清理条款仍具约束力（在特定条件下）。
- 司法实践：在司法实践中，法院通常会根据建设工程的实际情况、合同的具体内容以及双方当事人的过错程度等因素，综合判断结算条款的效力。例如，如果工程已经竣工验收合格，且结算条款内容合法、合理，那么法院很可能会认定该条款有效。
建议：在实际操作中，如果面临工程合同无效的情况，建议当事人及时咨询专业律师，根据具体情况分析结算条款的效力，并采取相应的法律措施维护自身权益。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。