建设工程施工合同无效时，结算清单的效力需根据具体情况分析，不能一概而论其有效或无效。以下从不同角度进行详细阐述：
一、结算条款的效力
工程价款结算条款：
- 在合同无效但工程质量合格的情况下，工程价款结算条款通常仍具有参考意义。这是因为建设工程的劳务成果无法“返还原物、恢复原状”，必须对已完成的工程量进行结算。根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，承包人可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿。
- 举例：若合同约定固定总价方式计算工程价款，且工程质量合格，那么即使合同无效，该计价方式条款仍可参照执行，以确定承包人应得的工程价款。
工程价款支付时间和支付方式条款：
- 这些条款明确了发包人支付工程折价补偿款的具体要求和流程。在工程质量合格的情况下，它们对双方结算具有参考意义，有助于确保结算过程的顺利进行。
二、清理条款的效力
涉及工程价款支付、结算的清理条款：
- 这类条款在工程质量合格的情况下，可以参照合同约定进行处理。它们旨在处理合同履行或解除后的权利义务关系，具有独立性，不受合同整体无效的影响。
涉及违约金、赔偿金等其他事项的清理条款：
- 这些条款并非合同的主要义务，而是基于合同有效的基础上产生的第二性义务。因此，在建设工程施工合同无效的情况下，它们通常应认定为无效。这是因为违约金、赔偿金等条款的效力依赖于合同的有效性，合同无效则这些条款也失去效力基础。
三、独立结算协议与清理协议的效力
- 如果当事人就建设工程施工合同的结算和清理事宜另行签订了独立的结算协议或清理协议，那么这些协议的效力将不受主合同（即建设工程施工合同）无效的影响。只要这些协议系当事人真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，就应认定为有效。
- 举例：若双方在合同无效后，另行签订了一份结算协议，明确约定了工程价款的结算方式和金额，且该协议符合法律规定，那么该结算协议就是有效的，双方应按照协议约定进行结算。
四、法律建议与风险提示
注重证据收集：
- 在结算过程中，双方应注重证据的收集和保存。承包人应提供工程量清单、施工图纸、签证单等证据以证明实际完成的工程量；发包人则应提供付款凭证、质量验收报告等证据以证明自己的履约情况。这些证据将有助于在争议发生时维护自己的合法权益。
协商与调解优先：
- 在争议发生后，双方应首先尝试通过协商或调解的方式解决纠纷。这有助于节省诉讼成本和时间，同时也有利于维护双方的合作关系。如果协商无果，再考虑通过诉讼或仲裁等法律途径解决争议。
遵循公平合理原则：
- 在结算过程中，应遵循公平合理原则，确保双方的权益得到平衡保护。对于因设计变更导致的工程量增减、因发包人原因导致工期延误等情况，应按照实际情况进行结算和赔偿。
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