当建设工程施工合同被认定为无效时，工程款的结算确实是一个复杂且需要细致处理的问题。以下是对此问题的详细解答，希望能为您提供清晰的指导。
一、法律依据与处理原则
首先，我们需要明确的是，根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》，当建设工程施工合同无效时，工程款的结算应遵循公平原则，并尊重实际施工情况，以确保双方权益的平衡。
二、工程质量合格时的结算方式
参照合同约定结算：
- 即便合同无效，只要建设工程经过竣工验收并合格，承包人仍有权请求参照合同约定来支付工程价款。这一原则体现了对承包人实际投入和建设成果的尊重。
- 举例来说，如果甲建筑公司与乙开发商签订的合同虽然无效，但工程最终验收合格，那么甲公司就有权按照合同约定的价款要求乙开发商进行支付。
根据实际履行情况调整：
- 在实际施工过程中，可能会因为设计变更、材料替换等原因导致实际履行与合同约定存在差异。在这种情况下，应根据实际完成情况来调整工程款。
- 例如，如果因为设计变更导致工程量增加，那么就应按照实际完成的工程量结合合同单价来计算工程款。
三、工程质量不合格时的结算方式
修复后合格：
- 如果工程验收不合格，但经过修复后达到了合格标准，那么发包人可以要求承包人承担修复费用，并从工程款中扣除相应的部分。
- 举例来说，如果某工程的部分施工不符合标准，经验收不合格后，承包人进行了修复并再次验收合格，那么发包人就可以扣除修复费用后支付剩余的工程款。
修复后仍不合格：
- 如果工程经过修复后仍然不合格，那么承包人将无权请求支付工程价款，并且可能还需要赔偿发包人因此遭受的损失。
- 例如，如果基础施工存在严重质量问题，即使经过修复也无法达到合格标准，那么承包人不仅无法获得工程款，还需要对发包人的损失进行赔偿。
四、没有约定或约定不明时的结算方式
参照市场价格：
- 如果合同无效且双方对工程价款没有约定或者约定不明确，那么可以参照签订合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或者标准来进行结算。
- 举例来说，对于一些小型工程，双方可能只是口头约定了工程价款，当发生纠纷时，就可以参照当地的计价方法来确定工程款。
鉴定评估：
- 如果无法通过上述方法来确定工程款，那么可以通过鉴定评估的方式来确定数额。鉴定机构会考虑工程成本、市场行情等因素来作出合理的结论。
- 例如，对于一些特殊工程，可能无法适用现有的计价方法，这时就可以委托专业的鉴定机构进行评估。
五、处理建议与注意事项
- 确定工程质量：首要任务是确保工程质量符合标准，因为这是作为结算依据的关键。
- 协商与调解：双方应尽量通过协商和调解来解决争议，以避免法律纠纷的发生。
- 保留证据：无论是协商还是诉讼，都应妥善保管相关文件和资料作为证据。
- 了解法律法规：熟悉相关法律法规和政策规定，以更好地维护自身权益并规避法律风险。
- 诉诸法律途径：如果无法达成一致意见，可以通过法律途径来解决争议，如向人民法院提起诉讼。
综上所述，当建设工程施工合同无效时，工程款的结算问题需要综合考虑工程质量、合同约定以及实际情况等多方面因素。双方应保持冷静和理性，通过协商、调解或者法律途径来解决争议，并确保工程款的合理支付。希望以上解答能对您有所帮助。