在处理建设工程施工合同无效后的工程价款问题时，我们主要依据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释来进行。以下是对这一问题的详细解答：
一、基本原则
质量合格优先：
- 如果建设工程已经竣工并且验收合格，那么承包人有权请求参照原合同中关于工程价款的约定来支付工程款。这是因为，尽管合同可能因某些原因（如未取得相应资质、未按照法定程序招标等）被认定为无效，但只要工程质量符合标准，承包人已经投入了成本并完成了工作，因此应获得相应的报酬。
折价补偿原则：
- 如果建设工程经验收不合格，但经过修复后能够达到合格标准，那么发包人可以请求承包人承担修复费用。修复后仍不合格的，承包人则无权请求参照原合同关于工程价款的约定进行折价补偿。此时，可能需要根据工程的实际价值、双方的过错程度等因素进行折价补偿或其他形式的赔偿。
二、具体处理方式
参照合同约定支付：
- 在合同无效但工程质量合格的情况下，法院通常会支持承包人按照合同约定的价格主张工程款。但这里的“参照合同约定”并不意味着完全按照合同条款执行，而是需要结合案件具体情况和公平原则进行综合判断。例如，如果合同中存在显失公平的条款（如过高的违约金或不合理的付款方式），法院可能会对这些条款进行调整。
折价补偿：
- 当工程质量不合格且无法修复或修复后仍不合格时，承包人无法获得全额的工程款。此时，可能需要根据工程的实际价值进行折价补偿。折价补偿的具体数额通常由法院根据专业机构的评估报告、市场行情以及双方的过错程度等因素综合确定。
损失赔偿：
- 如果因合同无效给一方造成了损失（如工期延误导致的额外费用、质量问题引发的维修成本等），责任方应承担相应的赔偿责任。损失赔偿的范围通常包括直接损失和间接损失，但具体数额需由法院根据实际情况进行认定。
三、特殊情况下的处理
垫资及垫资利息：
- 若合同中约定了垫资及其利息，并且垫资行为不违反法律的强制性规定，那么承包人有权要求返还垫资并支付相应的利息。利息的计算可以参照合同中的约定或者同期同类贷款利率/LPR。
质量保证金返还：
- 质量保证金的返还应以工程竣工验收合格为前提。如果验收合格，发包人应按照约定返还保证金；如果存在质量问题，则需要待修复合格后再进行返还。
结算协议效力：
- 合同无效后，如果双方达成了结算协议，并且该协议不存在欺诈、胁迫等情形，那么该结算协议应被认定为有效，并可以作为工程价款支付的依据。
四、注意事项
- 即使合同无效，如果工程经验收合格，承包人仍有权请求支付工程价款。
- 承包人的优先受偿权不因合同无效而消灭。
- 实际施工人在一定条件下也有权向发包人主张权利。
在处理此类问题时，建议综合考虑多种因素，并采取相应的法律措施。如果遇到纠纷或不确定的情况，建议咨询专业律师以获取具体的法律建议。