针对您提出的“建设工程施工合同被法院判决为无效合同后，工程款诉讼时效如何计算”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、诉讼时效期间
首先，根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于建设工程施工合同纠纷，即无论合同是否有效，当事人请求支付工程款的诉讼时效期间均为三年。
二、诉讼时效起算点
在建设工程施工合同无效的情况下，工程款诉讼时效的起算点需结合以下因素确定：
工程验收合格或实际交付使用：
- 若工程经竣工验收合格，诉讼时效自验收合格之日起计算。
- 若工程未经正式验收但已实际交付使用，诉讼时效自转移占有之日（即实际交付使用之日）起计算。
合同约定的付款时间：
- 如果合同中明确约定了工程款的给付时间，且该约定不违反法律法规的强制性规定，则诉讼时效从约定的付款期限届满之日起计算。
- 若合同无效但约定了付款时间，且工程已验收合格或实际交付使用，通常仍可参照该约定确定诉讼时效起算点，但需注意合同无效可能不影响结算条款的效力（具体需结合案件事实和法律规定判断）。
结算情况：
- 若合同未约定付款时间或约定不明，且工程已验收合格或实际交付使用，但双方未进行结算，诉讼时效可能从当事人起诉要求结算或确认工程款之日起计算（具体需结合案件事实和司法实践判断）。
质量争议处理：
- 若存在质量问题需修复，修复完成且验收合格后，诉讼时效从修复验收合格之日起计算。
三、特殊情形下诉讼时效的中断与重新计算
在诉讼时效期间内，若发生以下情形，诉讼时效将中断并重新计算：
权利人主张权利：
- 权利人通过发函催款、提起诉讼、申请仲裁等方式向义务人主张权利，诉讼时效从中断时起重新计算。
义务人同意履行：
- 义务人作出分期还款、提供担保等承诺，表明其同意履行义务，诉讼时效从义务人同意履行义务之日起重新计算。
不可抗力或其他障碍：
- 在诉讼时效期间的最后六个月内，若因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他障碍（如无民事行为能力人或限制民事行为能力人没有法定代理人等）导致权利人不能行使请求权，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
四、实务操作建议
及时主张权利：
- 权利人应在诉讼时效期间内及时主张权利，避免超过时效而丧失胜诉权。可以通过发函催款、提起诉讼或申请仲裁等方式固定主张权利的事实。
保留证据：
- 保留好与工程款支付相关的所有证据，包括合同、结算文件、催款记录、对方承诺付款的证据等，以备不时之需。
关注质量异议期：
- 发包方需在合理期限内提出质量问题，否则视为工程质量合格。权利人应关注质量异议期，避免因质量问题影响工程款的支付和诉讼时效的计算。
咨询专业律师：
- 建设工程施工合同纠纷涉及多个法律知识点和复杂的法律关系，建议当事人在处理相关纠纷时咨询专业律师的意见，以确保自己的合法权益得到有效保护。
五、法律依据
《中华人民共和国民法典》第一百八十八条：向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》：
- 第二十四条：当事人就同一建设工程订立的数份建设工程施工合同均无效，但建设工程质量合格，一方当事人请求参照实际履行的合同关于工程价款的约定折价补偿承包人的，人民法院应予支持。
- 第二十七条：利息从应付工程价款之日开始计付。当事人对付款时间没有约定或者约定不明的，下列时间视为应付款时间：（一）建设工程已实际交付的，为交付之日；（二）建设工程没有交付的，为提交竣工结算文件之日；（三）建设工程未交付，工程价款也未结算的，为当事人起诉之日。
《中华人民共和国民事诉讼法》相关条款：关于诉讼时效中断、中止和延长的规定。
综上所述，建设工程施工合同被法院判决为无效合同后，工程款诉讼时效的计算需结合工程验收合格或实际交付使用情况、合同约定的付款时间、结算情况以及质量争议处理等因素确定。当事人在处理相关纠纷时，应充分了解并遵循相关法律法规的规定，以确保自己的合法权益得到妥善维护。