在转包工程合同被认定为无效的情况下，工程款的结算确实是一个需要细致处理的问题。以下是我根据相关法律法规及司法实践，为您详细梳理的工程款结算方法和步骤：

一、基本原则

1. 质量合格前提： 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十三条第一款的规定，即便建设工程施工合同无效，但只要建设工程经验收合格，承包人仍有权参照合同中关于工程价款的约定，要求折价补偿。这一原则确保了工程质量合格的前提下，承包人的合法权益得到保障。

2. 实际施工人权益保护： 对于实际施工人而言，在合同无效的情况下，其已完成的工程量应得到合理补偿。这是为了维护建筑市场的稳定和公平，防止因合同无效而导致实际施工人利益受损。

二、具体结算方法

1. 参照合同约定结算：

   • 如果原合同中明确约定了工程价款的计算方式和标准，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么可以参照该约定进行结算。但需要注意的是，“参照”并非完全按照合同执行，而是需要结合实际情况进行调整，以确保结算结果的公平性和合理性。

2. 按实际完成工程量结算：

   • 在合同无效且无法直接参照合同约定结算的情况下，可以根据实际完成的工程量进行结算。这要求双方对已完成工程量进行确认，并依据相关定额、市场价格等因素确定工程价款。

3. 考虑过错责任：

   • 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条的规定，民事法律行为无效后，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。在转包合同无效的情况下，如果一方存在过错（如明知对方无资质仍进行转包），则可能需要在结算时承担一定的责任，如减少工程款支付比例等。

4. 司法鉴定辅助：

   • 在双方对工程价款存在争议且无法通过协商达成一致的情况下，可以申请司法鉴定来确定工程价款。司法鉴定机构将依据相关法律法规、行业标准以及实际完成情况等因素进行综合评估，并出具具有法律效力的鉴定报告。

三、特殊情况处理

1. 承包人与实际施工人的结算：

   • 在转包合同无效的情况下，承包人与实际施工人应相互返还各自财产。但考虑到建筑工程的特殊性，若严格适用返还财产的规定可能导致工程丧失效用价值。因此，已完成工程经验收合格的，实际施工人可以参照合同约定要求承包人支付相应的工程款。

2. 发包人与实际施工人的直接结算：

   • 在特定情况下，如承包人资信状况恶化、破产或法人主体资格消灭等，实际施工人可以在已完成建筑工程质量经验收合格的情况下，要求发包人在欠付工程价款范围内支付相应的工程款。

四、注意事项

1. 保留证据： 无论是发包方还是承包方，都应妥善保管与工程相关的所有证据材料，包括施工图纸、变更通知、验收记录等。这些证据在结算过程中将起到至关重要的作用。

2. 及时沟通协商： 在发现合同无效或可能出现纠纷时，双方应及时进行沟通协商，尝试通过友好方式解决争议。这有助于降低诉讼成本和时间成本，提高纠纷解决的效率。

3. 遵守法律程序： 如果协商无果，双方应依法向有管辖权的人民法院提起诉讼或申请仲裁。在诉讼或仲裁过程中，应严格遵守法律程序和相关规定，确保自身权益得到有效保障。

综上所述，转包合同无效时的工程款结算需综合考虑工程质量、各方过错及损失情况，并依据相关法律法规及司法解释进行妥善处理。希望以上解答能对您有所帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时咨询。