已经签了不续签合同补偿协议，公司没有按实际收入补偿，仍然可以申请劳动仲裁。具体分析如下：
一、核心前提与法律依据
- 核心前提：你已与公司签订了不续签合同补偿协议，但公司未按照实际收入进行补偿。
- 法律依据：
- 《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条规定，因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议，适用本法。
- 《中华人民共和国劳动法》第七十七条规定，用人单位与劳动者发生劳动争议，当事人可以依法申请调解、仲裁、提起诉讼，也可以协商解决。
二、分析过程
协议性质：不续签合同补偿协议是用人单位与劳动者就劳动合同终止后经济补偿问题达成的约定。该协议应当遵循公平、自愿、协商一致的原则，且不得违反法律、法规的强制性规定。
补偿标准：根据劳动法的相关规定，经济补偿金通常按照劳动者在本单位工作的年限和每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。如果协议中约定的补偿标准低于法定标准，或者未按照实际收入进行补偿，那么该协议在补偿标准部分可能无效或可撤销。
申请劳动仲裁的可行性：
- 仲裁请求：你可以以公司未按照实际收入进行补偿为由，向劳动争议仲裁委员会提出仲裁请求，要求公司按照法定标准或协议约定的（如更高）标准支付经济补偿金。
- 仲裁程序：你需要提交仲裁申请书、相关证据（如劳动合同、补偿协议、工资记录等），并按照仲裁委员会的指引参与仲裁程序。
可能的结果：
- 仲裁支持：如果仲裁委员会认为你的请求有理有据，可能会裁决公司按照法定标准或协议约定的标准支付经济补偿金。
- 仲裁不支持：如果仲裁委员会认为你的请求缺乏依据或证据不足，可能会驳回你的仲裁请求。在这种情况下，你可以考虑是否通过诉讼等其他途径维护自己的权益。
三、建议与行动
- 准备证据：在申请劳动仲裁前，务必收集并整理好相关证据，包括劳动合同、补偿协议、工资记录、工作证明等。
- 咨询专业人士：如果你对劳动仲裁程序或相关法律法规不熟悉，可以咨询我或其他专业律师，以获取更详细的法律建议和帮助。
- 及时申请：劳动仲裁通常有一定的时效限制，因此建议你尽快向劳动争议仲裁委员会提出仲裁请求，以免错过时效。
综上所述，即使你已经与公司签订了不续签合同补偿协议，但如果公司未按照实际收入进行补偿，你仍然有权申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。